تحتل بحيرة التمساح مكانة مهمة في قلب مواطني محافظة الاسماعيلية لكونها بيئة طبيعية متميزة ذات إمكانات واعدة, فهي عنصر انتاجي مهم يمكن أن يمد المحافظة بكميات مناسبة من الأسماك سنويا, كما أن التكامل بين مناظر البحيرة الهادئة والطقس الجاف الهادئ الذي يسود المنطقة علي مدار العام جعل منها مركزا سياحيا رئيسيا للتنزه والرحلات سواء لأبناء المحافظة أو أبناء المحافظات المجاورة, ولكن تتعرض البحيرات لملوثات الصرف الزراعي والصحي والملوثات البترولية والردم العشوائي لشواطئ الأندية والمصايف مما أثر علي مياه البحيرة وبدأت محافظة الاسماعيلية مؤخرا في التصدي بأسلوب علمي لإغلاق مصادر التلوث علي البحيرة, ومن المنتظر إغلاق هذه المصادر تماما العام المقبل بعد الانتهاء من إقامة محطة صرف المحسمة. ويؤكد التقرير الذي أعدته مديرية البيئة بالاسماعيلية عن مشكلات البحيرة أن بحيرة التمساح تشكل حوضا طبيعيا مساحته1900 فدان بمتوسط عمق10 م وتحتوي علي90 مليون م3 من المياه المالحة وتتصل ببحيرة الصيادين والمجري الملاحي لقناة السويس, ويدخل البحيرة حوالي مليون م3 يوميا من مياه الصرف الزراعي عن طريق مصرف المحسمة ويتم اختلاطها بمياه البحيرة قبل تسربها شمالا وجنوبا عبر المجري الملاحي ويؤثر هذا الصرف علي ملوحة البحيرة ويزيد من تراكم المواد العضوية بالبحيرة التي تستهلك كثيرا من الأوكسجين الحيوي ويقل منسوبه بقاع البحيرة أو ينعدم أحيانا مما يجعل نمو الكائنات البحرية بالقاع شبه معدوم في كثير من أماكن البحيرة العميقة. كما تعاني البحيرة من بعض الملوثات البترولية الناتجة عن حركة السفن بقناة السويس حيث تؤثر هذه الملوثات علي طبيعة الشواطئ ونوعية المنتج البحري من اسماك وقشريات ويشير التقرير الي أن مصرف المحسمة يعد المصدر الرئيسي لتلوث البحيرة من خلال الصرف الزراعي الذي يحتوي علي المركبات السامة وبعض العناصر الثقيلة بالاضافة الي مياه الصرف الزراعي لمصرف الوادي القادم من محافظة الشرقية حتي العباسة, كذلك مياه الصرف الصحي غير المعالج للمناطق التي لا تتمتع بخدمات الصرف الصحي حيث يقوم الأهالي أو سيارات الكسح بالقاء المخلفات علي مصرف المحسمة وفروعه. ويشير الدكتور صلاح سعيد مدير عام البيئة بالاسماعيلية الي أن المشكلة قديمة وتعود الي60 عاما وأن65% من الملوثات التي تأتي للاسماعيلية تأتي من محافظة الشرقية وتصب في مصرف المحسمة ومنه الي بحيرة التمساح كما أن توقف محطة رفع مياه الصرف الزراعي والصحي بالقصاصين والتي كانت ترفع نحو800 ألف م3 يوميا بسبب ارتفاع نسبة الملوثات أدي الي تعاظم المشكلة ويؤكد السيد عبد الجليل الفخراني محافظة الاسماعيلية أنه كلف رؤساء الوحدات المحلية بايقاف صرف المخلفات علي مصرف المحسمة وخاطب الهيئة القومية لمياه الشرب والصرف الصحي لإدراج قري المحافظة ضمن مشروعات الصرف الصحي. وكذلك تقوم وزارة الزراعة بخلط مياه صرف المحسمة بمياه عذبة, وإعادة تشغيل محطة القصاصين المتوقفة منذ5 سنوات, وسرعة قيام الهيئة القومية للصرف الصحي بانهاء خططها بمحافظة الاسماعيلية وإقامة وحدة معالجة علي نهاية مصب مصرف المحسمة عند بحيرة الصيادين. ويؤكد أنه مع نهاية العام المقبل ستنتهي مشكلة الصرف المؤثرة علي بحيرة التمساح.
