كتبت نيفين شحاتة: قرر الدكتور أحمد زكي بدر وزير التربية والتعليم وضع مدرسة جذور الخاصة تحت الاشراف المالي والاداري لوزارة التربية والتعليم. وكانت لجنة المتابعة قد كشفت عن وجود أعمال بناء وهدم عدد من بالمدرسة وقامت بسؤال مديرة المدرسة فأفادت أن المدرسة لن تستطيع الانتهاء من هذه الأعمال قبل الموعد الرسمي المحدد لبدء العام الدراسي, كما تبين أن المدرسة لم تخطر هيئة الأبنية التعليمية بالأعمال التي تنفذها كما لم تتمكن اللجنة من الاطلاع علي حسابات المدرسة بالبنوك أو دفاتر الشيكات لعدم وجودها بالمدرسة, وأفادت مديرة المدرسة بأنها في حوزة الممثل القانوني للمدرسة وأنه يقوم بأداء العمرة. وأكدت اللجنة مخالفة ذلك للمادة36 من القرار الوزاري رقم306 لسنة93 بشأن التعليم الخاص والتي تقضي بضرورة إيداع جميع ايرادات المدرسة وحصيلة رسوم النشاط المدرسي واشتراكات الخدمات في أحد بنوك القطاع العام أو مكاتب البريد الحكومية في حسابين منفصلين باسم المدرسة.