قرر أحمد زكى بدر وزير التربية والتعليم وضع مدرسة (جذور) الخاصة تحت الإشراف المالي والإداري للوزارة وذلك بعد ثبوت مخالفاتها لائحة التعليم الخاص. وكانت لجان المتابعة قد كشفت في تقريرها عن قيام المدرسة بعمليات بناء وهدم ووجود عدد كبير من العمال بالمدرسة وبسؤال مديرة المدرسة قالت "إن مدرسة (جذور) لن تستطيع الانتهاء من هذه الأعمال قبل الموعد الرسمي المحدد لبدء العام الدراسي". ولم تتمكن اللجنة من الإطلاع على حسابات المدرسة بالبنوك أو دفاتر الشيكات لعدم وجودها بالمدرسة وأفادت مديرة المدرسة بأنها في حوزة الممثل القانوني للمدرسة وأنه يقوم بأداء العمرة. وأكدت اللجنة مخالفة لائحة التعليم الخاص التي تقضى بضرورة إيداع جميع إيرادات المدرس وتحصيل رسوم النشاط المدرسي واشتراكات الخدمات في أحد بنوك القطاع العام أو مكاتب البريد الحكومية في حسابين منفصلين باسم المدرسة وأن يكون الحساب الأول للمصروفات المدرسية والخدمات ويكون حق السحب منه لصاحب المدرسة والثاني للنشاط المدرسي ويكون حق السحب منه بواسطة مدير المدرسة. وكشف التقرير عن قيام المدرسة بتشغيل قاعات رياض الأطفال قبل بدء العام الدراسي بالمخالفة لقرار وزير التربية والتعليم. وكان وزير التعليم قد أمر بتشكيل لجان لمتابعة الاستعدادات للعام الدراسي الجديد ومتابعة حسابات المدارس الخاصة لضمان عدم قيامها بزيادة المصروفات دون موافقة الوزارة. يشار إلى أن بدر كان قد أصدر قرارا منذ أيام بوضع مدرسة بالدقي تحت الإشراف المالي والإداري لتحصيلها مصروفات إضافية وذلك بعد تأكيده عدم التهاون على الإطلاق في أية مخالفات في جميع مدارس الجمهورية وأن العام الدراسي الجديد سيبدأ يوم 18 سبتمبر الحالي ومن غير المقبول عدم التزام أي مدرس بهذا الموعد.