آثار قرار الرئيس محمد مرسي بالإفراج عن أعضاء في الجماعة الإسلامية كانوا متهمين في قضايا عسكرية وأمام محاكم أمن الدولة العليا( طوارئ)ردود فعل متباينة في الأوساط السياسية. ففي حين رحبت الجماعة الإسلامية, بقرار العفو واعتبرته قرارا ثوريا يعبر عن مدي استعداد الرئيس مرسي للتصدي للظلم والفساد الذي وقع علي المعارضين خلال نظام الرئيس المخلوع شعبيا حسني مبارك وجميع أركانه. وكشف الدكتور محمد حسان حماد, المتحدث الإعلامي لحزب البناء والتنمية, الذراع السياسية للجماعة الإسلامية, عن كواليس الإفراج عن معتقلي الجماعة, حيث أكد أن وفدا من قيادات الجماعة والحزب زارا الرئيس مرسي بعد فوزه وأكدوا ضرورة الإفراج عن جميع المعتقلين الإسلاميين المحاكمين عسكريا وأمام محاكم أمن الدولة العليا خلال نظام المخلوع. وطالب حزب البناء والتنمية الذراع السياسية للجماعة بضرورة الإفراج عن باقي المتهمين الآخرين التابعين للجماعة الإسلامية, والذين تعرضوا لظلم كبير من النظام السابق. ومن جانبه اعتبر سامح عاشور نقيب المحامين ورئيس الحزب الناصري قرار الرئيس بالعفو الرئاسي يعد من قبيل سداد الفواتير الانتخابية علي حساب النظام العام للبلاد مؤكدا أن كل هذه الأمور كانت متوقعة لرئيس ذي خلفية إسلامية أتي من حزب إسلامي,وكل هذا بدا جليا من أول يوم توليه للرئاسة. ومن ناحيته قال الدكتور رفعت السعيد رئيس حزب التجمع إنه لا يمكن لأي إنسان محكوم عليه بالسجن ويعترض علي الإفراج عنه, والسؤال الآن هنا هل هذه الجماعات الإسلامية أقلعت عن الأعمال الإرهابية وتعذيب الناس وجرائم القتل والتكفير, مؤكدا أنه إذا كانت هذه الجماعات لم تقلع عن مثل هذه الأعمال فيعد ذلك من الأمور الخطيرة في ظل تردي الأوضاع الأمنية. من ناحيته وصف اللواء سامح سيف اليزل الخبير الأمني والاستراتيجي قرار العفو عن المحكوم عليهم بالإعدام والمؤبد خلال الأيام الماضية بمحاولة اكتساب شعبية جديدة للرئيس أكثر منها مصلحة وطنية عليا خاصة أنه يجب علينا أن نفرق بين الجرائم الجنائية والتي منها عمليات التفجير والقتل. وقال سيف اليزل إن مثل هذه العمليات الإجرامية يجب أن تخرج عن حسابات العفو التي تكون في إطار للقصاص وأيضا لابد من إعطاء حق المجتمع قبل قرار العفو. وأضاف سيف اليزل أن استفادة البعض من هذا القرار وارد لأنهم قد يكونون قد توقفوا عن مثل هذه العمليات وقد يحدث العكس وهنا سيكون المجتمع هو الضحية وقد يدفع ثمنه بعض أرواح المواطنين. وشدد اليزل علي أنه يجب حساب تبعات كثيرة عند اتخاذ قرار مهم مثل العفو وأيضا ردود الأفعال الحالية والمستقبلية ومصلحة المجتمع التي قد تتأثر بمثل هذا القرار. من جانبه طالب عبدالغفار شكر مؤسس حزب التحالف الشعبي الاشتراكي بإعادة محاكمة هؤلاء المفرج عنهم أمام القضاء الطبيعي وليس بالإفراج عنهم لأنهم متهمون في قضايا قتل, وقال شكر إن مصر شهدت عمليات ترويع وتكذيب للمجتمع منذ التسعينيات وهناك تخوفات من الإفراج عن مثل هذه الجماعات وأنه من الافضل إعادة محاكمتهم أمام القضاء الطبيعي. ومن جهته أكد طارق الملط عضو الهيئة العليا لحزب الوسط أن للرئيس الحق في الإفراج والعفو الرئاسي عن المتهمين ولكن وفقا للقانون, مشيرا إلي أنه مع الإفراج عن المعتقلين السياسيين وليس الجنائيين مؤكدا في النهاية يجب احترام القانون.