طالب عدد من النشطاء والقوى السياسية الرئيس المنتخب محمد مرسى بإصدار قرار بالعفو عن المعتقلين السياسيين بالسجون المصرية منذ عهد مبارك وبعد الثورة، والإفراج عن كل المحكوم عليهم فى محاكم عسكرية استثنائية، فيما أكد قانونيون وحقوقيون أنه من حق رئيس الجمهورية إصدار قرار العفو، طبقاً للإعلان الدستورى. وناشد الدكتور نصر عبد السلام رئيس حزب البناء والتنمية الذراع السياسية للجماعة الإسلامية، الرئيس المنتخب أن يلتفت إلى المعتقلين، وأن يصدر قراراً بالعفو الشامل عنهم، مجدداً الدعوة لكل النشطاء وجمعيات حقوق الإنسان أن ينضموا لهذه المبادرة. وأشار إلى ضرورة أن يصدر الرئيس المنتخب قرارات عاجلة وفورية بالإفراج عن كل المعتقلين ممن عارضوا نظام مبارك، إضافة إلى من تم اعتقالهم أثناء أحداث الثورة وما بعدها، مطالباً بأن يكون الإفراج ضمن قرارات "العفو الشامل" التى تتيح لمن لحقهم قرار العفو ممارسة حقوقهم السياسية بشكل طبيعى دون أى إجراءات أخرى. فيما قال عمرو عبد المنعم المتحدث الرسمى باسم رابطة المعتقلين إنهم تقدموا بثلاثة طلبات أساسية فى هذا الشأن، مناشداً الدكتور محمد مرسى أن يصدر قراراً بالعفو عن المعتقلين السياسيين، خاصة معتقلى سجن العقرب والذين يبلغ عددهم 37 معتقلاً من بينهم ثلاثة محكوم عليهم بالإعدام، إضافة إلى أن عدداً كبيراً منهم مصاب بأمراض مزمنة. وأوضح عبد المنعم أنهم تقدموا بطلب آخر إلى مرسى بتسوية أوضاع المحكوم عليهم غيابياً مثل ياسر السرى مدير المرصد الإسلامى فى لندن والمحكوم عليه بالإعدام فى قضية ملفقة، مشيراً إلى أنهم يطالبون بتسوية أوضاعه وعودته إلى مصر. كما طالب عبد المنعم الدكتور محمد مرسى بإسقاط جميع الأحكام العسكرية الاستثنائية التى جرت قبل ذلك، مشيراً إلى أن هناك ما يقرب من 950 حالة من بين معتقل ومسجون بأحكام عسكرية أكثر من 90 بالمائة يقضون أحكاماً جائرة بالمؤبد.
من جهتها، قالت عصمت الميرغنى رئيس اتحاد المحامين الأفروآسيوى إن رئيس الجمهورية يملك العفو عن السجناء، مشيرة إلى أن أهم ثمار ثورة يناير هى الديمقراطية متمثلة فى حرية الرأى، رافضة فى الوقت ذاته، أى عفو عن معتقلين جنائيين. فيما أكد الناشط الحقوقى نجاد البرعى رئيس جماعة تنمية الديمقراطية أنه من الممكن لرئيس الجمهورية العفو الشامل عن السجناء سواء المدنيين أو السياسيين وفقاً للإعلان الدستورى، مؤكداً فى الوقت ذاته، على ضرورة وجود ضوابط لهذا العفو. الأمر ذاته، أكدته الناشطة الحقوقية غادة شاهبندر، مطالبة بالعفو عن المدنيين المحكوم عليهم عسكرياً وإعادة محاكمتهم أمام قاضيهم الطبيعى.