أشادت4 غرف عمليات لمنظمات المجتمع المدني, بنزاهة أول إنتخابات رئاسية في تاريخ مصر, ودور اللجنة العليا للانتخابات علي المستوي التنظيمي, والدور الكبير للمجلس الأعلي للقوات المسلحة ووزارة الداخلية في تأمين العملية الانتخابية. وتضم هذه المنظمات شبكة الانتخابات في العالم العربي احدي المنظمات الدولية الثلاث التي تتابع الانتخابات, والبعثة المصرية لمراقبة الانتخابات الرئاسية التي تضم26 منظمة حقوقية و150 شخصية عامة برلمانية وقانونية, والجمعية المصرية لدعم التطور الديموقراطي, ومركز سواسية لمناهضة العنف. ورصدت هذه المنظمات عددا من الانتهاكات والتجاوزات شملت منع المراقبين من الدخول الي مقار الاقتراع, والدعاية الانتخابية, وخرق الصمت الانتخابي, ووقوع مشاجرات ومشاحنات بين انصار المرشحين, وعمليات تصويت جماعي, وتأثير علي الناخبين, وتجاوز حجم الانفاق المالي الحد المسموح به, وتدخلات بعض القائمين علي إدارة العملية الانتخابية لصالح بعض المرشحين, وتقديم رشاوي انتخابية. وأشار تقرير شبكة الانتخابات في العالم العربي التي تضم40 مؤسسة معنية بالانتخابات من11 دولة عربية إلي أن سلوك قوات الشرطة والقوات المسلحة القائمة بتأمين العملية الانتخابية اتسم بالحياد الملحوظ والكفاءة المرتفعة في القيام بمهامها, وبعدها التام عن التدخل في سير إجراءات العملية الانتخابية, مؤكدة أن ما تم رصده من مخالفات وصفها ب البسيطة, لا يؤثر بأي حال من الأحوال في درجة حرية ونزاهة العلمية الانتخابية بشكل عام.