مع أن جماعة «التكفير والهجرة» نشأت داخل السجون المصرية, إلا أن أفكارها تبلورت وانتشرت في محافظات مصر, وكثر أتباعها في الصعيد وبين طلاب الجامعات,وتقوم أفكار الجماعة علي تكفير كل من يرتكب أي ذنب, سواء كان كبيرا أو صغيرا, وتكفير الحكام بحجة أنهم لا يحكمون بشرع الله ,وكل من يؤيد هذا الحاكم فهو كافر, لأنه لا يساعد علي إقامة حكم الله . لم يكن التكفير وسيلة الجماعة الوحيدة, بل اعتمدت أسلوب الهجرة ,التي تعنى اعتزال المجتمع، عزلة مكانية وشعورية ،وتبلورت أفكار الجماعة - التي سميت بجماعة المسلمين- بعد حملة الاعتقالات التي تمت سنة 1965 ,والتي أعدم علي إثرها سيد قطب وعدد من الاخوان المسلمين , بأمر من الرئيس الراحل جمال عبدالناصر, بالإضافة إلي ما تعرض له الإسلاميون من ألوان العذاب وقتل عدد كبير منهم داخل السجون ,الأمر الذي أدي بعدد من هؤلاء المعتقلين إلي الانقسام فيما بينهم,فمنهم مجموعة قامت بالفعل بتأييد عبد الناصر, بغية خروجهم من هذه المعتقلات, ومجموعة أخري رفضت ذلك, واعتبرت الحاكم كافرا ومن يؤيدونه كفارا، ومن لم يكفرهم فهو كافر, والمجتمع بأفراده كفار لأنهم موالون للحاكم، وبالتالي فلا ينفعهم صوم ولا صلاة. كما كانوا يكفرون كل من عرضوا عليه فكرهم فلم يقبله ,أو قبله ولم ينضم إلى جماعتهم ويبايع إمامهم، أما من انضم إلى جماعتهم ثم تركها فهو مرتد ,حلال الدم, والجماعات الإسلامية إذا بلغتها دعوتهم ولم تبايع إمامهم فهي كافرة مارقة من الدين , وكل من يأخذون بأقوال الأئمة أو بالإجماع, حتى ولو كان إجماع الصحابة أو بالقياس أو بالمصلحة المرسلة أو بالاستحسان ونحوها ,فهو في نظرهم مشرك كافر, وكان إمام هذه الفئة ومهندس أفكارها الشيخ علي إسماعيل. ومن أفكارهم أن من يرتكب أي فعل مخالف للشريعة الإسلامية فهو كافر كفرا مخرجا عن ملة الإسلام, وأن الهجرة من أي مجتمع لا يحكم بالشريعة واجب شرعي حتمي ،وأن من يلجأ للقانون الوضعي أيا كان دافعه وأيا كان نوع القانون الوضعي الذي يحكم به أو يتحاكم إليه, ولا يعتبرون في ذلك أى استثناء, كحالات الإكراه أو الاضطرار أو الجهل أو الخطأ , بل يتمسكون بالتكفير في ذلك كله, و لا يفصلون في ذلك بين القانون الوضعي المخالف للشريعة أو الموافق لها, فهم لم يطرحوا ذلك الفرق أصلا،وبناء علي هذه الأفكار رفضت جماعة التكفير علماء السلف وأقوالهم, وكانوا ينتقون من الأحاديث النبوية ما يؤيد مذهبهم, ويرفضون ما لا يؤيدهم, بلا أي ضوابط ,وكفروا أهل السلف,بداية من صحابة الرسول «صلي الله عليه وسلم», ويفسرون القرآن وفقا لرأيهم وأفكارهم. ومن هذه الأسس انطلق شكري مصطفى - أحد مؤسسي هذه الجماعة - ليكون رؤيته عن الواقع السياسي وطريقة تغييره, فكان شكري يرى أنه لابد من إقامة دولة إسلامية وفق منهجه الفكري, وخلص من تحليله السياسي للواقع الدولي والإقليمي إلى أن القوى الكبرى ستسعى بمعاونة اسرائيل إلى تفتيت العالم العربي إلى دويلات صغيرة لتسهيل عملية إضعاف الأمة الإسلامية, و من ثم اعتقد شكري مصطفى أن هذه الحالة سوف تمثل ظرفا مواتيا له لإقامة دويلة إسلامية على جزء من مصر, واعتقد أن القوى الكبرى قد تدعمه أو تغض الطرف عنه, باعتبار أن عمله هذا سيساهم في تحقيق مخططها الاستعماري في التفتيت على أن يسعى بعد ذلك إلى توحيد هذه الدويلات بالتغلب عليها واحدة بعد الأخرى, بعد أن تقوى شوكته, ليتمكن من إعادة توحيد العالم الإسلامي في دولة واحدة. و تورطت جماعة شكري مصطفى في اختطاف واغتيال وزير الأوقاف حينذاك الدكتور محمد حسين الذهبي, بعد انتقاده فكر جماعة شكري مصطفى, لإحساسه بخطورة هذا الفكر, وعظم مخالفته العقيدة الاسلامية, و قد أثيرت العديد من الشكوك حول ما إذا كان شكري مصطفى قد تورط في هذا القرار بسبب اختراق أمني محدد دفعه لذلك لضرب عصفورين بحجر واحد: الأول هو التخلص من الوزير الذهبي بسبب دخوله في صراع مع مراكز قوة معينة في الحكم،بالإضافة إلي توريط جماعة شكري في عمل إرهابي كبير, يمكن أن يتخذ ذريعة للخلاص من شكري وجماعته, , بعد أن استفحل خطرها وانتشارها . و بعد إعدام شكري , اتخذت الجماعة منهجا مختلفا في التغيير يرتكز على فكرة انتظار ظهور المهدي المنتظر, والانضمام إليه, و من ثم فهم يمارسون الدعوة إلى أفكارهم دون تسلح أو سعي لأي عمل سياسي أو عسكري من أي نوع ,وبدأ عملهم يقتصر داخل الجماعة على العمل التربوي و الاجتماعي, بالإضافة للعمل التعليمي لأنهم يحرمون دخول المدارس و الجامعات بعد إعدام شكري و رفاقه, ودعوا إلى الأمية ,لتأويلهم الخاطئ لحديث (نحن أمة أمية ...), فدعوا إلى ترك الكليات ومنع الانتساب للجامعات والمعاهد الإسلامية أو غير الإسلامية ,ووصفوها بمؤسسات الطاغوت , وقالوا إن الدعوة لمحو الأمية دعوة يهودية لشغل الناس بعلوم الكفر عن تعلم الإسلام. قالوا بترك صلاة الجمعة والجماعة بالمساجد,بزعم أن المساجد كلها ضرار وأئمتها كفار, إلا أربعة : المسجد الحرام, والمسجد النبوي, وقباء, والمسجد الأقصى, ولا يصلون فيها أيضاً إلا إذا كان الإمام منهم. ويزعمون أن أميرهم شكري مصطفى هو مهدي هذه الأمة المنتظر, وأن الله تعالى سيحقق على يد جماعته ما لم يحقق علي يد النبي محمد «صلى الله عليه وسلم» من ظهور الإسلام على جميع الأديان, و دور الجماعة يبدأ بعد أن تدمّر الأرض بمن عليها بحرب كونية بين الولاياتالمتحدةالأمريكية والاتحاد السوفيتي, تختفي بسببها الأسلحة الحديثة كالصواريخ والطائرات وغيرها ,ويعود القتال - كما كان - رجل لرجل بالسلاح القديم من سيوف ورماح وحراب.. وكان من أبرز قيادات التكفير والهجرة الشيخ علي إسماعيل,الذي كان إمام هذه الفئة من الشباب داخل المعتقل,وهو أحد خريجي الأزهر وشقيق الشيخ عبد الفتاح إسماعيل أحد الستة الذين تم إعدامهم مع سيد قطب, وقد صاغ الشيخ «علي» مبادئ العزلة والتكفير لدى الجماعة ضمن أطر شرعية حتى تبدو وكأنها أمور شرعية لها أدلتها من الكتاب والسنة ومن حياة الرسول «صلى الله عليه وسلم» في الفترتين المكية والمدنية ,متأثراً في ذلك بأفكار الخوارج, إلا أنه رجع إلى رشده, وأعلن براءته من الافكار التي كان ينادي بها,أما القيادي الثاني فهو ماهرعبد العزيز (أبو عبد الله) ابن شقيقة شكري مصطفى ونائبه في قيادة الجماعة بمصر وكان يشغل منصب المسئول الإعلامي للجماعة.و أعدم مع شكري في قضية محمد حسين الذهبي رقم 6 لسنة 1977م. ثروت الخرباوي -القيادي المنشق عن جماعة الإخوان المسلمين - يؤكد أن جماعات «التكفير والهجرة» خرجت من قلب الإخوان المسلمين,ومنهم شكري مصطفي , الذي قاد هذه الجماعة لإرساء فكرها القائم علي القتل والإرهاب. مضيفا :إن شكري تم اعتقاله عام 1965 لانتسابه لجماعة الإخوان, الذي تولي قيادة الجماعة داخل السجون, ومبايعته أميرا للمؤمنين وقائدا لجماعة التكفير والهجرة , وقام بتعيين أمراء المحافظات , وتجهيز مقاراتهم السرية ،وفي بداية عام 1973 قاموا بالهجرة إلي سيناء والمناطق الجبلية حتي يتمكنوا من نشر سلاحهم وتدريب أبنائهم, وتم إلقاء القبض عليه في قضية تحمل رقم 618 أمن دولة عليا , وعقب الانتهاء من حرب أكتوبر تم الإفراج عنه , إلا أنه عاود العمل مرة ثانية وأعاد تنظيم صفوف الجماعة مرة أخري, و تمكن من ضم أعضاء جدد للجماعة من شتى محافظات مصر, كما قام بتسفير مجموعات أخرى إلى خارج البلاد بغرض الحصول علي التمويل ولنشر أفكارهم في أكثر من دولة، وهيأ شكري مصطفى لأتباعه بيئة متكاملة من النشاط ,وشغلهم بالدعوة والعمل والصلاة والدراسة, وبذلك عزلهم عن المجتمع, إذ أصبح العضو يعتمد على الجماعة في كل احتياجاته, ومن ينحرف من الأعضاء يتعرض لعقاب بدني, وإذا ترك العضو الجماعة اعتبِر كافراً , يتم تعقبه وتصفيته جسدياً الخرباوي مضيفا :إنه بالرغم من أن شكري مصطفى كان مستبداً في قراراته إلا أن أتباعه كانوا يطيعونه طاعة عمياء بمقتضى عقد البيعة الذي أخذه عليهم في بداية انتسابهم للجماعة ,وقوبلت هذه الجماعة بقوة من قبل السلطات المصرية وبخاصة بعد مقتل الشيخ حسين الذهبي وزير الأوقاف المصري السابق, وبعد مواجهات شديدة بين أعضاء الجماعة والسلطات المصرية تم إلقاء القبض على المئات من أفراد الجماعة وتقديمهم للمحاكمة في القضية رقم 6 لسنة 1977م التي حكمت بإعدام خمسة من قياداتها على رأسهم شكري مصطفى وماهر عبد العزيز بكري ,وفي 30 مارس 1978, صبيحة زيارة السادات للقدس, تم تنفيذ حكم الإعدام في شكري مصطفى وإخوانه. وأكد الخرباوي أن هذه الجماعات مازالت تمارس عملها في مصر ومنتشرة في عدد كبير من المحافظات , خصوصا في سيناء, وأن عددا كبيرا منهم خرج من المعتقلات بعد ثورة 25 يناير.
