فتحت قضية السلطات المطلقة الممنوحة لرئيس الجمهورية فى دستور عام 1971 والذى تم تعطيل العمل به عقب نجاح ثورة الخامس والعشرين من يناير الجدل حول نظام الحكم الأنسب لمصر، والذى يمكن من خلاله الحد من سيطرة الرئيس على كل المؤسسات ومنح رئيس الحكومة سلطات حقيقية تساعده على القيام بمهام عمله على الوجه الأكمل. عدد كبير من نواب الشعب أكدوا أن النظام المختلط الذي يجمع بين النظام الرئاسي والبرلماني هو الأنسب لحكم مصر في المرحلة الراهنة، مؤكدين أنه يضمن توزيع السلطات بين الرئيس ورئيس الحكومة، بينما قلل آخرون من إمكانية تطبيق نظام الحكم المختلط مؤكدين أن التجربة السياسية لم تنضج بعد. محمد عبد العليم داود -وكيل مجلس الشعب- قال: إن نظام الحكم الأفضل لمصر في الفترة المقبلة هو النظام المختلط الذي يجمع بين النظام الرئاسي والبرلماني، موضحاً أنه يفضل بشكل شخصي النظام البرلماني الذي يرسخ لعملية الديمقراطية، ويقطع الطريق تماماً أمام ظهور فرعون جديد من خلال الصلاحيات المطلقة لرئيس الجمهورية مشيرا إلى ان الظروف التي تمر بها مصر مؤخرا، وحالة الترهل الشديدة التي أصابت الغالبية العظمي من الأحزاب قبل الثورة، وفي نفس الوقت الأحزاب الجديدة لم تكتسب الخبرة السياسية بعد، كل هذه الظروف تدفع في اتجاه النظام المختلط. أما المستشار محمود الخضيري -رئيس لجنة الشئون التشريعية والدستورية بمجلس الشعب- فيرى أن النظام البرلماني أفضل لمصر لأنه سيضمن وجود سلطتين هما سلطة رئيس الجمهورية وسلطة مجلس الوزراء، وبذلك لا تتجمع السلطات في يد جهة أو شخص واحد. وأضاف: "لضمان نجاح هذا النظام في مصر حاليا يجب إعطاء رئيس الجمهورية بعض الصلاحيات التي لا تجعله مهمشا، وفي نفس الوقت تضمن عدم تكرار تجربة الديكتاتورية من جديد، وترسيخ مبدأ الديمقراطية التي قامت الثورة من أجلها. وشدد الخضيرى علي أن الشعوب فى الدول الديمقراطية هى من تحافظ على النظام القائم وتتصدى للاستبداد في ظل وجود مؤسسات قوية، سواء كانت أحزابًا أو نقابات أو هيئات. أما الدكتور وحيد عبد المجيد-عضو مجلس الشعب"مستقل"- فيقول: "ينبغي أن يتم وضع نظام الحكم في الدستور القادم، بما يضمن تحقيق أهداف المرحلة الراهنة" ويضيف: " أهم هدف الآن هو الحد من تغول السلطة التنفيذية التي كانت موجودة في النظام السابق، خاصة الصلاحيات المطلقة التي كانت تمنح لرئيس الجمهورية، لكن في نفس الوقت يجب ألا يكون هذا علي حساب تغول السلطة التشريعية، ومن هنا فإن المناسب لنا حالياً كإجراء مرحلي هو النظام المختلط الذي يجمع بين الرئاسي والبرلماني". بينما يرى محمد العمدة -وكيل اللجنة التشريعية بمجلس الشعب، والمرشح المحتمل لرئاسة الجمهورية- أن تتم صياغة نظام حكم خاص لمصر يتماشي مع ظروفها، فعلي سبيل المثال يمكن أن يكون رئيس الحكومة منتخبا وله غالبية الصلاحيات التنفيذية، ويحاسب أمام البرلمان في الوقت الذي يمنح فيه رئيس الجمهورية سلطة تعيين كبار المسئولين والمحافظين والقضاة وعزلهم، بجانب مسئوليته عن السياسة الخارجية، ومنحه منصب القائد الأعلي للقوات المسلحة، وبذالك نضمن تحقيق التوازن بين السلطات. وأشار إلى أن النظام السابق كان يمنح رئيس الجمهورية 51 صلاحية، وهو ما يعني استحالة أن يمارسها جميعاً، وحتي لو أراد لن يستطيع، وهو ما أدى إلى خلق مراكز القوي حول الرئيس. أما صبحي صالح -عضو الهيئة البرلمانية لحزب الحرية والعدالة، ووكيل اللجنة التشريعية بمجلس الشعب- فيري أن الفترة الحالية التي تشهدها مصر، يتناسب معها نظام الحكم المختلط الذي يجمع بين النظام البرلماني والرئاسي، وأنه سيتم طرح هذه الرؤية، التي يتبناها حزب الحرية والعدالة، خلال صياغة الدستور الجديد. وشدد في الوقت نفسه علي أن التوجه العام داخل الحزب، هو الاقتناع التام بالنظام البرلماني، لكن تم الاتفاق علي تأجيل العمل به حتي تقوي الأحزاب السياسية، وتستطيع تحمل المسئولية.