أكد دفاع متهمي قضية "خلية الظواهري"، أن الاتهامات الموجهة إلى المتهمين هي اتهامات باطلة لا وجه لها لإدانة المتهمين، دافعًا بكيدية الاتهامات وتلفيقها، بسبب الخصومة الشديدة بين المتهمين وقطاع الأمن الوطني، فضلًا عن عدم ضبط أي منهم متلبسًا بواقعة محددة. وانتقل الدفاع إلى سرد باقي دفوعه، دافعًا ببطلان التحريات لعدم جديتها، علاوةً على انعدام تهمة حيازة الأسلحة والتناقض في أقوال شهود الإثبات. وكشفت تحقيقات النيابة العامة، أن المتهمين من «العناصر الإرهابية» شديدة الخطورة، وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم، وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر.