التمس دفاع المتهمين الثاني والثالث، بالقضية المعروفة اعلاميًا ب"خلية الظواهري" براءة المتهمين مما نسب إليهما من اتهامات، تأسيسًا على عدد من الدفوع التي أبداها الدفاع، وفي مقدمتها الدفع ببطلان اعترافات المتهمين أمام النيابة العامة، نظرًا لكونها جاءت وليدةً للإكراه البدني، والمعنوي الواقع على المتهمين بالدعوى. كما دفع ببطلان إذن النيابة العامة الصادر بتاريخ (20 أكتوبر 2013 )، لعدم اشتماله على أسماء المتهمين المضبوطين، ليعقب دافعًا ببطلان شهادة الرائد محمد حسين أحد شهود الإثبات، لكونه مغايرًا للرائد محمد عبد الدايم، مُجرى التحريات الأصلي. في سياق متصل قدم الدفاع دفعًا ببطلان التحريات، وانعدامها وعدم التعويل عليها، نظرًا لعدم جديتها وتعارضها مع باقي دلائل الدعوى، مُختتما دفوعه بالانتقال إلى الدفع بانتفاء أركان جريمة تأسيس التنظيم المسند إلى المتهمين. كانت نيابة أمن الدولة العليا أمرت بإحالة القضية لمحكمة الجنايات في مطلع شهر أبريل الماضي، وتضمن قرار الاتهام الصادر في القضية استمرار حبس 50 متهما بصورة احتياطية على ذمة القضية، والأمر بضبط وإحضار 18 متهما هاربا وحبسهم احتياطيا على ذمة القضية. وكشفت تحقيقات النيابة العامة أن المتهمين من "العناصر الإرهابية" شديدة الخطورة، وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم، وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر.