لأن وزارة البيئة وضعت على عاتقها مهمة حماية المحميات الطبيعية فالصراع بين الوزارة ورهبان الدير المنحوت فى الفيوم لايزال محتدما رغم مرور سنوات عديدة على بداية الازمة. وبعيداً عن التعصب فإن تفاصيل القضية ترجع الى ستينيات القرن الماضي، حينما قام الاب متى المسكين وتلاميذه ببناء الدير وحفر عدة مغارات فى منحدرات الطرف الشمالى للتعبد والسير على خطى الانبا مقار الذى كان يعتكف للعبادة فى احدى مغارات وادى الريان. وظل الاب متى المسكين بالدير المنحوت، حتى دعاه البطريرك كيرلس السادس للعودة لوادى النطرون، وظل بعدها الدير مغلقاً، إلى أن حضر 41 راهباً وأعادوا فتحه للتعبد. إلى هنا ولا توجد مشكلة، أما الأزمة التى تفجرت بعد ذلك فهى وضع وزارة البيئة حدوداً للمحميات الطبيعية فى وادى الريان، ثم فى وادى الحيتان، وهما من أهم المحميات الطبيعية فى مصر بعد أن تم ضمهما الى التراث العالمي، فقام الرهبان ببناء سور كبير حول مئات الأفدنة بالمحمية الطبيعية، التى تضم عيوناً للمياه الكبريتية، وحين اجرى موظفو جهاز البيئة بالفيوم معاينة على السور حرروا المحضر رقم 943- ادارى مركز يوسف الصديق لسنة 1102 ضد رهبان الدير وأشعل الأزمة إقامة الرهبان لسور جديد حول مساحات شاسعة من اراضى المحمية تقدر بألف فدان وذلك قبل اسابيع قليلة. موظفو جهاز البيئة بالفيوم يؤكدون ان هذه المنطقة محمية طبيعية لايجوز البناء فيها، واتهموا رهبان الدير بردم حمام سباحة واقامة عدد من المبانى فى خلال الفترة التى اعقبت ثورة 52 يناير مباشرة وتمكن الرهبان من ضم مساحات جديدة للدير، وبالطبع ابلغ موظفو البيئة الوزير الذى سارع بإصدار قرار إزالة لهذه التعديات، وتوجه عدد من رجال الشرطة والاجهزة المحلية لتنفيذ قرار الإزالة إلا ان الرهبان منعوهم من التنفيذ. وطبقا للتعديات الجديدة فقد قامت اجهزة البيئة والوحدة المحلية بتحرير بلاغات جديدة اثبتوا فيها التعديات الجديدة التى قام بها رهبان الدير المنحوت على المحميات الطبيعية.
