الحرب على الإرهاب صاحبت معها العديد من التجاوزات والانتهاكات الموثقة لرجال الأمن تجاه المواطنين، تلك الانتهاكات التي توزعت ما بين تعذيب في السجون وأقسام الشرطة وحبس للصحفيين واختفاء قسري وتجاوزات أخرى، وصفها سياسيون بأنها تصب في غير صالح الرئيس عبد الفتاح السيسي وتنتقص من شعبيته.. التعذيب في السجون وأقسام الشرطة اتهم المحامي والحقوقي مختار منير في حوار مع برنامج "عين على الديموقراطية" المذاع على قناة "الحرة" أمس الأول، وزارة الداخلية المصرية بالسعي إلى فرض قبضة أمنية على الشعب والعودة إلى حقبة ما قبل ثورة 25 يناير 2011. وجاء في تقرير مركز النديم بتأهيل ضحايا العنف والتعذيب عن شهر يناير 2016، أن انتهاكات ارتكبتها قوات الأمن أدت إلى وفاة 8 سجناء بسبب التعذيب و11 آخرين بسبب الإهمال الطبي. وفي نوفمبر 2015، قال المجلس القومي لحقوق الإنسان، إن ثلاثة مواطنين لقوا حتفهم خلال أسبوع واحد في أماكن الاحتجاز الشرطية بشبهة التعذيب، هو أمر الذى يمثل انتهاكاً جسيماً لأحد أهم وأقدس حق من حقوق الإنسان. إلى جانب ذلك، هناك حالات أخرى كان فيها بعض المواطنين ضحايا ل"بطش" رجال الشرطة، تلك الحالات بدأت بالمحامي في قسم المطرية كريم أحمد الذي توفي نتيجة التعذيب، وكذلك الصيدلي "عفيفي حسني" الذي توفي بمستشفى الإسماعيلية، من أحد حوادث التعذيب التي أثارت غضب سكان محافظة الإسماعيلية وجميع محافظات مصر. الأمر لم يتوقف عند هذا الحد، وقام عدد من أمناء الشرطة قبل أيام باقتحام مستشفى المطرية وإطلاق النار بها والاعتداء على الأطباء وتقييدهم ب"الكلابشات" واقتيادهم لقسم الشرطة، وهي القضية التي أثارت الرأي العام. حبس الصحفيين احتلت مصر الترتيب الثانى من بين الدول العشر الأكثر حبساً للصحفيين للعام الجارى، وسبقتها الصين فى المرتبة الأولى، وجاءت إيران فى المركز الثالث، تلتها إريتريا وتركيا وإثيوبيا وأذربيجان والسعودية وسوريا وفيتنام. ولعل آخر الحالات التى تمثل تقييدا لحرية الرأي والتعبير، واقعة القبض على رسام الكاريكاتير إسلام جاويش، بتهمة احتواء كتابته "ورقة"، على رسوم مسيئة للنظام. الاختفاء القسري في أحدث تقاريرها، حملت منظمة هيومان رايتس، ضباط الأمن الوطني المسؤولية عن الاختفاء القسري للعشرات، وأشارت إلى أن ضباط بالأمن الوطني وآخرين في الشرطة يلجأون للتعذيب في تحقيقاتهم بشكل منتظم. ونقلت عن منظمات حقوقية محلية أن "أكثر من 250 شخصًا لقوا حتفهم أثناء الاحتجاز خلال إدارة الرئيس السيسي، وأن أغلب الحالات سببها الإهمال الطبي". مراقبة الهواتف أكد وزير الداخلية اللواء مجدي عبد الغفار في حوار تليفزيوني، أنه لا توجد أي رقابة بحال من الأحوال على التليفونات في مصر إلا في حالات معينة تتعلق بجريمة بعينها أو ممارسات تخل بأمن الوطن، وتحت الرقابة الكاملة للقضاء، مؤكدا أن الممارسات السابقة من هذا النوع لن تعود. سياسيون يحذرون الرئيس قال الدكتور مصطفى الفقي، المفكر السياسي، إن الرئيس عبد الفتاح السيسي، هو الوحيد الذي يتحمل ضريبة ممارسات الأمن الحالية، مشيرا إلى أنه يدرك أهمية الشباب بعد ثورة 25 يناير. أما النائب البرلماني هيثم الحريري، فقال إن الممارسات الأمنية التي تنتهجها وزارة الداخلية في الوقت الحالي تزيد الفجوة بين الشباب والرئيس عبد الفتاح السيسي.
وكتب في تدونية عبر صفحته على موقع التواصل الاجتماعي "فيسبوك": "الممارسات الأمنية تزيد الفجوة بين الشباب ورئيس الجمهورية.. السيد رئيس الجمهورية.. كفى أبرياء فى السجون، السيد رئيس الجمهورية.. لا نحتاج لبناء مزيد من السجون بل نحتاج إلى بناء الوطن بأيدي شبابه". ومن جانبه، استنكر الدكتور هاني سري الدين المستشار القانونى لمشروع تنمية قناة السويس تزايد حالات التعذيب داخل أقسام الشرطة.
وقال في تغريدة عبر حسابه على موقع "تويتر": "تزايد حالات تعذيب المواطنين داخل أقسام الشرطة ظاهرة مزعجة ويجب التحقيق الجدي في ذلك".
وتابع: "على المجلس المصري لحقوق الإنسان أن يباشر واجبه تجاه ظاهرة تعذيب المواطنين داخل الاقسام وأن يكون علي قدر الحدث".
