تباين في مواقف المجلس العسكري من الحركات السياسية، هذا ما يتضح بعد تصريحات عادل علي حسن عضو الهيئة العامة للاستعلامات التابعة لوزارة الإعلام أن الهيئة كانت أصدرت كتابا منذ 6 أشهر حمل عنوان مستقبل المجتمع المدني بعد ثورة 25 يناير، الذي جاء فيه أن الحركات الشبابية وعلى رأسها كفاية و6 ابريل كانت عامل أساسي في قيام 25 يناير. لكن المجلس العسكري أصدر قرارا بعد نفاذ النسخ المطبوعة من الكتاب- والذي تم توزيع 20 ألف نسخة منه- بعدم نسخ طبع جديدة من الكتاب، وهذا يوضح تباين المجلس العسكري في مواقفه من الحركات السياسية التي قال عنها مرة أنها حركات وطنية كانت لها دور في تحريك الشارع المصري، ومرة أخرى يتهمها بالعمالة والتمويل من جهات أجنبية. وعلق محمد عبد العزيز الناشط السياسي ومنسق الشباب بالحركة المصرية من أجل التغيير كفاية قائلا «حركة كفاية لا تنتظر ثناء من المجلس العسكري وجنرالاته، فهي حركة مشهود لها بالوطنية منذ انطلاقتها الأولى في ديسمبر 2004، خاصة أن مؤسسي كفاية من رموز وهامات هذا الوطن أبرزهم العالم الراحل الدكتور عبد الوهاب المسيري والناشط جورج إسحاق وعبد الحليم قنديل والمهندس محمد الأشقر وكمال خليل، وكل هؤلاء كانوا يواجهون ظلم وقمع نظام مبارك في الوقت الذي كان يقدم فيه هؤلاء الجنرالات فروض الولاء والطاعة لمبارك» من جانبها قالت انجي حمدي عضو المكتب السياسي بحركة 6 ابريل «نحن صوت الضمير الذي طالما حاول نظام مبارك إخراسه ولكنه لم ينجح مع شباب حر وكذلك لواءات المجلس العسكري فأنتم أيضا لن تنجحوا في إخراس صوت الضمير فالحق له الانتصار في النهاية، ونحن شباب غير قابل للهزيمة». من جانبه، وصف طارق الخولي المتحدث الرسمي لحركة 6 ابريل الجبهة الديمقراطية وعضو المكتب التنفيذي بائتلاف شباب الثورة ، تصريحات المجلس العسكري تجاه الحركات السياسية بالمتخبطة، مضيفا «إذا كان المجلس العسكري يثني تارة على الحركات السياسية، وتارة يتهمها بالخيانة والعمالة ويسعى إلى تشويهها فهذا يعني أن المجلس العسكري ينتقم من الحركات السياسية لأنها تنتقده وحركت الشارع ضده كما حركت الشارع ضد مبارك ونظامه».