انتقد ممثلو عدد من الحركات الثورية، ما وصفوه ب«الغموض الذى يحيط بدور جهاز الأمن الوطنى الجديد، واستخدام الرئيس له لقمع النشطاء والتنكيل بهم»، موضحين فى الوقت ذاته، أن اختيار مسئول ملف الإخوان المسلمين فى جهاز أمن الدولة المنحل، فى الفترة من 1989 إلى 1994، اللواء خالد ثروت، لتولى رئاسة القطاع، يكشف أن اختياره تم بناء على علاقاته بقيادات جماعة الإخوان المسلمين، التى ينتمى إليها الرئيس. من جهته، ندد المتحدث باسم حزب التيار المصرى، وائتلاف شباب الثورة «المنحل»، محمد القصاص، ب«الغموض»، الذى يحيط بدور جهاز الأمن الوطنى الجديد، مؤكدا «لا نعلم دور الجهاز أو عمله بعد الثورة، وحل جهاز أمن الدولة، بغض النظر عن تعيين اللواء خالد ثروت رئيسا له». وأبدى القصاص استياءه من اختيار ثروت لرئاسة القطاع، «لأنه يكشف أن سياسة اختيار المسئولين تعتمد على العلاقات الشخصية بقيادات جماعة الإخوان المسلمين»، مضيفا «يجب أن يقتصر دور الجهاز على جمع المعلومات فقط، دون التدخل فى أنشطة الحركات السياسية أو المنظمات الحقوقية، كما يجب أن تسحب منه صفة الضبطية القضائية».
وحذر القصاص فى الوقت نفسه، من خطورة نقل تبعية قطاع الأمن الوطنى من وزارة الداخلية إلى رئاسة الجمهورية، حسبما تردد مؤخرا، مؤكدا أن «تلقيه تعليمات من الرئيس، يعيد سيناريو جهاز أمن الدولة، الذى كان إحدى أدوات الرئيس المخلوع، لقمع النشطاء والتنكيل بهم».
فيما اعتبر عضو حزب التحالف الشعبى الاشتراكى، خالد عبدالحميد، أن إبقاء رئيس الجمهورية محمد مرسى على جهاز الأمن الوطنى، هو «إصرار على ميراث الدولة الاستبدادية»، مضيفا أن «إسناد الجهاز لثروت، الذراع اليمنى لحسن عبدالرحمن، رئيس جهاز أمن الدولة المنحل، والذى كان يكتب تقارير أمنية عن مرسى وزملائه فى الإخوان، يكشف عن نية مرسى للاستعانة به لنفس الغرض».
وأوضح عبدالحميد «كان على الرئيس إلغاء جهاز الأمن الوطنى، سواء كان تابعا لرئاسة الجمهورية أو وزارة الداخلية، وادخال تعديلات على جهاز الشرطة، إذا كان راغبا فى تشكيل حكومة ثورية حقيقية»، كما قلل من أهمية إصدار الرئيس تعليمات لثروت، بأن يقتصر عمل القطاع على جمع معلومات لمكافحة الإرهاب، متهما مرسى بالعمل بنفس العقلية الأمنية التى ترسخ مفاهيم الدولة الاستبدادية القمعية.
