شهدت انتخابات الأمين العام لحزب الحرية والعدالة الذراع السياسى لجماعة الإخوان المسلمين وجود إسم محمد مرسى رئيس الجمهورية ضمن خانة الأعضاء بالحزب الذين يحق لهم المشاركة السياسية الكاملة من حيث الترشيح والتصويت . وذكر دكتور أكرم الشاعر عضو الهيئة العليا للحزب إسم محمد مرسى فى بداية ندائه على اسماء الناخبين ثم ذكر انه إعتذر عن الحضور ومن ثم إستكمل باقى الأسماء . وعن وجود مرسى بالحزب قال دكتور سعد الكتاتنى رئيس حزب الحرية والعدالة ان دكتور محمد مرسى اعتذر عن رئاسى الحزب وهيئتة العليا فقط ولاتزال له كامل العضوية فى الحزب من حيث الفعاليات . وفاز حسن ابراهيم زعيم الأغلبية فى مجلس الشعب السابق بمنصب الأمين العام لحزب الحرية والعدالة التى اجريت بمقر الحزب بحصوله على 49 صوتا ممن يحق لهم التصويت على منافسه دكتور حلمى الجزار الذى حصل على 21 صوت .