صعوبات كبيرة تواجه الاتحاد من أجل المتوسط أهمها الصراع العربي الإسرائيلي الذي قال عنه الدكتور أحمد مساعدة أمين عام الاتحاد في «ندوة دبلوماسية» إنه سيظل نقطة فاصلة في عمل الاتحاد والعقبة الكبري أمامه مشيراً إلي أن الاتحاد لم ينجز حتي الآن ما يرضي طموحات القائمين عليه بسبب المعوقات التي واجهها منذ إنشائه نتيجة الصراعات السياسية الخفية والمعلنة والحروب التي شهدتها منطقة المتوسط التي أدت إلي خمول التعاون بين الأعضاء مطالبا بضرورة توفر الإرادة السياسية لوضع أطر جديدة لإعادة تعاون دول الأورومتوسطي في مساره الحقيقي كمرتبة أولي في ظل الاتجاه لعقد قمة للاتحاد كل عامين. ورغم ما يتعرض له الاتحاد من اتهامات بتلقي تعليمات من دول كبري إلا أن «مساعدة» شدد علي أنه لا يوجد أي دولة من حقها إملاء أوامر أو تعليمات علي الاتحاد حتي وإن كانت الولاياتالمتحدة مؤكداً أنه ليس لها أي تأثير علي أجندة الاتحاد ولم يمنعه هذا من التأكيد علي دور بعض الدول في النهوض بالاتحاد حيث وصف الدور المصري بالمحوري في قضايا المنطقة ككل والقضايا التي يضطلع بها الاتحاد بوجه خاص لافتا إلي أن مشاركة مصر بقيادة الرئيس حسني مبارك في رئاسة الاتحاد ومنحه المصداقية القوية كما يعبر عن إيمان مصر بدور الاتحاد ومشروعاته في ظل الدور القيادي لمصر في المنطقة. ومما لا شك فيه أن المفاوضات الفلسطينية - الإسرائيلية المباشرة الحالية ستشكل أجندة الاتحاد في الفترات المقبلة وهو ما أكده الأمين العام بقوله.. إن نجاح مراحل هذه المفاوضات سيضفي علي المنطقة الأمن والاستقرار المفقودين منذ عقود وهو ما يتيح للاتحاد وضع أجندة جديدة للعمل علي دفع عجلة تنفيذ مشروعاته وتحقيق التقارب في المصالح بين الدول الأوروبية ودول جنوب المتوسط خاصة بعد إنشاء صندوق لتمويل مشروعات البنية الأساسية التي ينفذها الاتحاد بتمويل مبدئي يقدر بنحو 400 مليار يورو. وكثيرا ما يبدي «مساعدة» اهتمام الاتحاد بالتعاون مع القطاع الخاص لتمويل مشروعاته التي تصب في تنمية المنطقة ككل خاصة مشروعات خطوط النقل البحري التي ستربط بين موانئ الدول الأعضاء ومشروعات الطاقة خاصة أن70% من هذه المشروعات مطروح تنفيذها في دول جنوب المتوسط وتركز علي مشروعات البنية التحتية التي تستنفد عمالة كثيفة وهي بحاجة إلي 25 مليون يورو.
