اتهمت منظمات المجتمع المدني والجمعيات الأهلية أمام قاضي التحقيق في قضايا التمويل الأجنبي غير الشرعي للأفراد والمنظمات التي يمتلكها 36 شخصية المجلس العسكري بفتح التحقيقات لشغل المجتمع المدني بالدفاع عن نفسه بدلاً من المطالبة بمراقبة الانتخابات. وجاء ذلك عقب صدور قرار من محكمة جنايات القاهرة بالكشف عن الحسابات السرية ل36 شخصية المسئولين عن المنظمات والجمعيات في البنوك داخل مصر وخارجها. وكانت تقارير لجنة تقصي الحقائق قد كشفت عن التمويل الأجنبي للمنظمات وجمعيات المجتمع المدني. وأحالت محكمة استئناف القاهرة ملف القضية لقاضي التحقيق المستشار أشرف العشماوي والمستشار سامح أبو زيد. وتضمنت أوراق قضية منظمات المجتمع المدني المنظمات التي لها نصيب في التمويل بعد ثورة يناير، وقد مولت بعض هذه الكيانات بما يزيد علي 500 مليون جنيه خلال الأشهر الستة الأخيرة بينما قامت منظمات أوروبية وعربية بتمويل باقي الكيانات واعترفت وزارة الخارجية والتعاون الدولي أمام قاضي التحقيق بفتح مكاتب تمثيل لها في مصر لمخالفتها القوانين.. وأكد قاضي التحقيق أن تلك الكيانات والمنظمات تواجه اتهامات بارتكاب جرائم تتعلق بتلقي أموال من الخارج دون ترخيص والحصول علي منافع شخصية وتورط جهات أجنبية في تمويل تلك الكيانات للإضرار بمصالح البلاد بما يخالف القانون الخاص بالجمعيات الأهلية وتصل العقوبات للحبس والغرامة ورد الأموال التي تلقوها.