أمرت النيابة العامة بالتحفظ على سائق القطار رقم 162 ومساعده فى حادث البدرشين لحين الإنتهاء من التحقيقات فى الحادث وظروفه وملابساته، كما إنتقل فريق من النيابة العامة الى المستشفى للإستماع الى اقوال إثنان من المصابين فى الحادث وإستدعاء 13 اخرين من المصابين الذين تم إسعافهم فور وقوع الحادث نظرا لإصابتهم بإصابات طفيفة، كما أمرت النيابة بإستدعاء سائق القطار رقم 990 للإستماع الى اقواله فى الحادث. وتبين من التحقيقات أنه أثناء سير القطار 162 المتجهة من القاهرة الى أسيوط فى إتجاهه للتخزين بالقرب من محطة البدرشين، مر قطار 990 القاهرةأسوان، إلا أن الركاب رفضوا مرور القطار للتخرين، ونزلوا إلى الأرض ووضعوا قطعا حديدية وأخشابا على فلنكات السكة الحديد، مما تسبب فى سقوط عربتين من قطار 990، نتيجة السرعة، وعدم قدرة السائق على إيقاف القطار بالكامل.