انتقد عدد من المستثمرين والخبراء الشروط والعراقيل التي تضعها الحكومة وتهدد حركة الاستثمار في مجال النقل، وكذلك تضارب الاختصاصات بين وزارات الري والصحة والمسطحات المائية والحماية المدنية والمحافظة والسياحة والداخلية.واعتبر المستثمرون أن هذه السياسة الحكومية تهدف ل "تطفيش" الصغار من الاستثمار في مجال النقل النهري، ومساعدة الكبار من المستثمرين، مما يؤدي للإحجام عن الاستثمار في هذا المجال.وقال حسين العاطفي وكيل وزارة الري إن الشروط الخاصة بالاستثمار في مجال النقل النهري صعبة لكنها ليست تعجيزية، ويجب علي المستثمر استيفاء كل هذه الشروط عند إقامة ميناء نهري والذي يتولي الإشراف علي هذه العملية هو معهد بحوث النيل.. وقطاع حماية النيل وذلك بالاتفاق مع الأجهزة المعنية الأخري من وزارات الصحة والمسطحات والداخلية والسياحة وغيرها من الجهات ذات الصلة. أما د. أسامة عقيل أستاذ النقل النهري بجامعة عين شمس فأكد أنه لا يتم إنشاء موانئ نهرية جديدة بل يتم تطوير الموانئ الموجودة فقط، وحدث ذلك مع الشركة الوطنية.. مشيرا إلي أن التراخيص والموافقات والشروط المتعددة تستغرق وقتا طويلا وتكاليف كثيرة هي العقبة الأولي أمام المستثمر، بالإضافة إلي عقبات أخري منها عدم وجود بيانات وخريطة كاملة لمتطلبات نقل البضائع عبر النقل النهري، ويجب تذليل هذه العقبات لتشجيع رجال الأعمال علي الاستثمار في النقل النهري لأنه يعتبر أفضل وسائل النقل.