أكد تقرير للجهاز المركزي للمحاسبات "فرع بورسعيد" وجود مخالفات قانونية في أداء الجهاز التنفيذي للمنطقة الحرة بالمحافظة وكشفت نتائج الفحص عن السنة المالية (2008/2007) وجود مخالفات في اسناد عمليات تنفيذ كازينو الجزيرة، وقرية مرجانة السياحية، وعدم اتخاذ الاجراءات القانونية ضد المقاولين اللذين تم اسناد العملية لهما لعدم التزامهما بالمواعيد المحددة للتسليم النهائي للمشروعين في عمليات اسناد مشروعات مجمع الثقافي ومجمع المطاعم الأمر الذي أدي لاصدار أوامر إضافية للمقاولين، وإسناد أعمال بالأمر المباشر بلغت قيمتها 22 مليون جنيه دون موافقة السلطات المختصة وعدم الحصول علي الأسعار المناسبة. كشف التقرير استمرار عدم الاستفادة من أرض مديرية الشئون الصحية المشتراة منذ عام 1996 بمبلغ (18.4) مليون جنيه واستمرت 14 عامًا، كما لم تتم الاستفادة من أرض الشونة التي تم شراؤها في عام 1994 ولم يتم استخدامها حتي الآن رغم وجود موافقة من المجلس الشعبي المحلي علي تنفيذ المشروع الاسكاني بها، وكان قد تم شراؤها بمبلغ عشرة ملايين جنيه في حينه لحساب صندوق الاسكان بالمحافظة.. وذكر التقرير انه تم صرف مليون جنيه علي دراسات وتصميمات مارينا اليخوت المزمع انشاؤها منذ سنوات ولم تستكمل اجراءات تنفيذ المشروع أو تمويله أو حتي البدء في انشائه.. كما كشف تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات عدم تحقيق عوائد عن مساهمة الصندوق بمبلغ 13 مليون جنيه في رأسمال شركة بورسعيد للتنمية السياحية رغم مرور سبعة أعوام. وانتقد التقرير عدم الاستفادة من مشروعات التنمية السياحية التي انتهي انشاؤها بالفعل منذ سنوات وهي مشروعات قرية الفيروز الذي تكلف 46 مليون جنيه وتسلمها الجهاز التنفيذي في 21 مايو 2008 وقرية الياقوت التي تكلفت 68.6 مليون جنيه واستلمت في 25 أغسطس 2008. وكذلك دعم النادي المصري بمليوني جنيه في أول نوفمبر 2008، ومليوني جنيه 22 يونيو 2008 رغم تنويه الجهاز المركزي من قبل بالحد من صرف هذه المبالغ لعدم الاستفادة منها رغم حصول النادي علي مليون و200 ألف جنيه سنويا اضافية ويعتبر إهدارًا للمال العام.