أثار قرار المجلس الأعلى للجامعات بحظر ممارسة أي أنشطة حزبية داخل الجامعات الحكومية، الجدل الشديد داخل الجامعات المصرية، فيره البعض امتداد وإعادة إنتاج للنظام السابق الذي حرم على طلاب الجامعة ممارسة العمل السياسي، في وقت تعد ممارسة الحياة السياسية من مكتسبات الثورة التي قامت على أكتاف شباب الجامعات، وأنه يصب في صالح جماعة الإخوان المسلمين، ويأتي كرد فعل على هزيمة طلابها في انتخابات اتحاد الطلاب. تقول الدكتورة ليلي سويف، عضو حركة 9 مارس بجامعة القاهرة، في تصريحات خاصة لشبكة الإعلام العربية "محيط"، إن حظر العمل السياسي داخل الجامعات هو موضوع خلافي في الأساس، وإن المجلس الأعلى للجامعات ليس من المفترض أن يتخذ هذا القرار منفرداً، لأن القرار يخص الطلاب، مؤكدة أنه من الأولى أخذ رأي الطلاب من خلال الاتحاد والحركات الطلابية. وأضافت سويف "في كل الأحول من الصعب يتطبق هذا القرار، ومحدش هيعرف يطبقه فعلا، والقرار ليس له تأثير على الانتخابات الطلابية الحالية".
في نفس السياق قال الدكتور يحيي القزاز، عضو حركة 9 مارس بجامعة حلوان، في تصريحات خاصة ل "المحيط"، إنه لا يعرف ما المقصود بحظر العمل السياسي، فالسياسة لطلاب الجامعات من مكونات الماء والهواء لهم، مؤكداً أنه لا يظن أنه من الممكن حظر السياسة بالجامعات إلا إذا كان المقصود منع قيام أحزاب داخل الجامعات.
وأشار القزاز إلى أن الجامعة صورة مصغرة للمجتمع، لفتاً إلى أن الممارسة السياسية بالجامعات ستستمر سواء قبلت الإدارة أو رفضت، موضحاً أن حظر السياسة خارج الجامعات، أسهل بكثير من حظرها داخل الجامعات، لأن التاريخ يشهد على أن الطلاب كانوا في طليعة المطالبة بالاستقلال ف كل العصور.
واختتم عضو 9 مارس بحلوان حديثه عن محاولة منع العمل السياسي بالجامعات، قائلاً "هي محاولة للتضيق على ممارسة الطلاب لعملهم السياسي لصالح فئة معينة، كما كان يحدث في العصر السابق من إتاحة الفرصة لطلاب الحزب الوطني للعمل السياسي على حساب الآخرين".