كشف مصدر سيادي, أن الرئيس محمد مرسى, خطط لإقالة اللواء مراد موافي منذ توليه رئاسة الجمهورية, وأضاف المصدر, أن حزب الحرية والعدالة الذراع السياسية لجماعة الأخوان المسلمين, مارس ضغوطا مكثفة على الرئيس مرسى, منذ توليه منصب رئيس الجمهورية, لإقالة اللواء مراد موافي, تحت دعوى ما أسموه بتطهير جهاز المخابرات. وكشف المصدر أن الأخوان تلقوا وعدا من مرسى, أثناء نظر قضية قتل المتظاهرين في أحداث ثورة 25 يناير, بأنه في حال نجاحه في الانتخابات الرئاسية سيقيل رئيس جهاز المخابرات, وسيتخلص مما أسماهم بقيادات الدولة العميقة. وأوضح المصدر، أن جماعة الأخوان المسلمين, لديها اعتقاد خاطئ أن المخابرات تقف ضدها, وتعمل على تهييج الرأي العام ضدها ,وهذا الاعتقاد قد زاد بعد إعلان اللواء الراحل عمر سليمان ترشحه لانتخابات الرئاسة. وأكد المصدر أن اللواء مراد موافي أطلع الرئيس محمد مرسى, على كافة الأحداث التي تدور في سيناء وتحركات الإرهابيين هناك لتنفيذ هجمات إرهابية, لكن الرئيس مرسى, لم يأخذ تلك المعلومات بجدية, وشكك في نواياها, واعتقد أن تلك المعلومات مُبالغ فيها بهدف تضييق الخناق على الفلسطينيين العابرين إلى سيناء عبر معبر رفح, والرجوع عن وعوده التي وعد بها رئيس الوزراء الفلسطيني إسماعيل هنية, بتقديم تيسيرات للفلسطينيين في قطاع غزة. وفي نفس السياق أييد اللواء حسام سويلم, الخبير العسكري والإستراتيجي ما جاء على لسان المصدر السيادي, قائلاً: " أن جهاز المخابرات العامة, مهمته فقط هي جمع المعلومات وتقديمها إلى رئاسة الجمهورية, التابع لها, وهو ما قام به الجهاز بالفعل, وأبلغ الرئاسة باحتمالية توجيه ضربة أمنية للحدود المصرية الإسرائيلية, وطالبهم بضرورة بإحكام عملية دخول خروج الفلسطينيين من معبر رفح ناحية فلسطين, ووضع خطة عاجلة لتدمير الأنفاق، إلا أن القيادة السياسية ومؤسسة الرئاسة لم تستجب لمطالب الجهاز وقامت بزيادة ساعات فتح معبر رفح بعد لقاء إسماعيل هنية, رئيس حكومة حماس الفلسطينية بالدكتور مرسى بالقاهرة. وأشار الخبير العسكري إلى أن الرئيس مرسى لم يتعامل مع معلومات الجهاز بجدية ولكنه أطاح برئيسه لامتصاص الغضب الشعبي عقب الأحداث للتغطية على أحداث رفح. من ناحية أخرى كشفت مصادر أخوانيه إن أحد أسباب قرار الدكتور محمد مرسى رئيس الجمهورية، بإحالة اللواء مراد موافي رئيس المخابرات إلى التقاعد، هو ضرب الدولة العميقة، بعد وصول معلومات "أن هناك جهات سيادية لا تساند الرئيس وتدعم الدعوات لتظاهرات 24 أغسطس، للمطالبة بحل جماعة الإخوان وعزل مرسى، وحرق مقار الجماعة، لذلك سعى الرئيس لإجهاض هذه الدعوات. جاء ذلك في أول رد فعل لمشايخ سيناء, حيث أعتبر الشيخ حسن خلف كبير مجاهدي سيناء أن إقالة اللواء مراد موافي مدير المخابرات العامة خطوة غير صحيحة وغير مدروسة، مشيرا إلى أن عمل ذلك الجهاز يقتصر على جمع المعلومات وتحليلها ورفع تقارير للقيادة السياسية التي تتخذ القرار حيال المعلومات الواردة.
وعاد خلف ليؤكد أن المخابرات جهة ليست بتنفيذية إنما جهة معلوماتية ولا تمتلك حق الضبطية القضائية، قائلاً: "كيف نلقى عليها اللوم برغم علمي بأنها قدمت معلومات مفصله عن تحركات الجماعات الإرهابية وعن خطواتها المخطط لها ولكن أين القرار السيادي بالتصدي لها". وفي الإطار ذاته قال الناشط سعيد أعتيق المتحدث باسم اتحاد شباب قبائل وعواقل سيناء: " إن الإقالات كانت متوقعه منذ تولى مرسى رئاسة الجمهورية وهو منهج متبع في كل دولة تحكمها الإخوان للسيطرة على أجهزة الدولة لتنفيذ وتمرير أفكارها لصالح الجماعة وليس للصالح العام وهو ما حدث في قطاع غزة عندما بدأت حماس كفصيل دعوى مقاوم ومن ثم تغلغلت في مؤسسات الدولة حتى احكموا سيطرتهم وظهرت حقيقتهم". وتابع أعتيق : مرسى وجد من أحداث الحدود فرصة ذهبية لإقصاء شخصيات تدير مؤسسات حساسة لإتاحة الفرصة لمن يدين للجماعة بالولاء يتولى تلك المناصب السيادية حتى يتمكن المد الأخواني من فرض سيطرت ، وأشار إلى أن إقالات مرسى لن تجدي نفعا بل ستزيد من حدة الصراع بين المجلس العسكري ، وان كان يهم مرسى شأن الدولة بحق لخرج علينا مجيبا عن سائلة تحيرنا مثل موقفه من الوطن البديل لحماس ومن المسئول عن أحداث الحدود بدل من البرتوكولات الفارغة من المضمون والموقف. وأختتم أعتيق تصريحاته بالقول "أن أهل سيناء يرفضون بشدة المتاجرة بدماء الشهداء واستغلالها في إحراز مكاسب سياسية تصب في صالح فصيل بعينه دون النظر للمصلحة رغم تاريخه الطويل في الخدمة العسكرية والعامة والذي تولى فيه العديد من المواقع القيادية في الجيش، ثم المخابرات الحربية والعامة".