وضعت وزارة الداخلية خطة أمنية شاملة، واتخذت كافة الإجراءات الأمنية الخاصة بمراسم دفن قداسة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية. شملت الإجراءات تكثيف التواجد الأمني في محيط الكاتدرائية بالعباسية والتي يتم نقل الجثمان منها بطائرة عسكرية إلى وادي النطرون، وقد تم وضع الخدمات الأمنية التي تتناسب مع كثافة الحشود الكبيرة لمئات الآلاف من المسلمين والأقباط الذين يتوافدون على الكاتدرائية، منذ إعلان وفاة البابا. عقد اللواء محمد إبراهيم وزير الداخلية اجتماعا مع كبار مساعديه، وأصدر توجيهاته لمساعدي الوزير للأمن والأمن العام وأمن القاهرة والبحيرة والأمن المركزي بتكثيف التواجد الأمني منذ الصباح الباكر اليوم، وإعداد الخدمات الأمنية والإرشادية لخط سير الجنازة بهدف تنظيم وتسهيل عملية تحرك مئات الآلاف من وإلى الكاتدرائية، خلال مراسم الجنازة الرسمية غدا الثلاثاء. وقال مصدر أمنى إن خطة تأمين الجنازة ستشهد إجراءات أمنية مشددة وغير مسبوقة نظرا لقيمة البابا شنودة فى مصر والعالم، وشدد على أن وزارة الداخلية اتخذت جميع التدابير والاستعدادات اللازمة لتسهيل إجراءات وصول الشخصيات العامة ورجال الدين والوفود الرسمية التى ستشارك فى مراسم الجنازة. وكشف المصدر أن عدة آلاف من الضباط سيتولون تأمين الجنازة فى العباسية أثناء الصلاة على البابا وحتى وصوله إلى دير الأنبا بيشوى بوادى النطرون بمحافظة البحيرة، وذلك لإتمام مراسم الدفن طبقا لوصية البابا شنودة التى أوصى بها قبل وفاته. وأكد اللواء حسن البرديسى مدير الإدارة العامة لمرور القاهرة أنه تم الاتفاق مع الكاتدرائية على عدم وجود أحد داخلها سوى الوفود الأجنبية المدعويين وكبار رجال الدولة. كما قامت الإدارة العامة لمرور القاهرة بالاتفاق مع الكاتدرائية بتحديد مسارات للدخول، بحيث يكون جموع الشعب حاملى الدعوات يتم دخولهم للكاتدرائية من باب 4 المطل على شارع لطفى السيد، بحيث يكون أفضل خط سير لهم ميدان العباسية ومنها شارع لطفى السيد ثم يسار شارع محمد الشافعى إلى باب 4. أما المدعوون من كبار رجال الدولة والشخصيات العامة يكون دخولهم من باب 3 شارع الدمرداش ويكون خط سيرهم من شارع رمسيس أعلى كوبرى أحمد سعيد، ثم الحارة اليسرى شارع رمسيس ثم الدخول لمستشفى الدمرداش شمال، ويتم ركن السيارات بالبارك الخاص بمستشفى الدمرداش ويدخلون مترجلين من باب 3 بشارع الدمرداش. أما الأجانب والوفود الأجنبية، فسيتم دخولهم من باب رقم 2 بالكاتدرائية بشارع رمسيس.