وضعت وزارة الداخلية خطة أمنية شاملة، واتخذت كافة الإجراءات الأمنية الخاصة بمراسم دفن قداسة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية. شملت الإجراءات تكثيف التواجد الأمني في محيط الكاتدرائية بالعباسية والتي يتم نقل الجثمان منها بطائرة عسكرية إلى وادي النطرون، وقد تم وضع الخدمات الأمنية التي تتناسب مع كثافة الحشود الكبيرة لمئات الآلاف من المسلمين والأقباط الذين يتوافدون على الكاتدرائية، منذ إعلان وفاة البابا. وأكد اللواء حسن البرديسى مدير الإدارة العامة لمرور القاهرة أنه تم الاتفاق مع الكاتدرائية على عدم وجود أحد داخلها سوى الوفود الأجنبية المدعويين وكبار رجال الدولة. كما قامت الإدارة العامة لمرور القاهرة بالاتفاق مع الكاتدرائية بتحديد مسارات للدخول، بحيث يكون جموع الشعب حاملى الدعوات يتم دخولهم للكاتدرائية من باب 4 المطل على شارع لطفى السيد، بحيث يكون أفضل خط سير لهم ميدان العباسية ومنها شارع لطفى السيد ثم يسار شارع محمد الشافعى إلى باب 4. أما المدعوون من كبار رجال الدولة والشخصيات العامة يكون دخولهم من باب 3 شارع الدمرداش ويكون خط سيرهم من شارع رمسيس أعلى كوبرى أحمد سعيد، ثم الحارة اليسرى شارع رمسيس ثم الدخول لمستشفى الدمرداش شمال، ويتم ركن السيارات بالبارك الخاص بمستشفى الدمرداش ويدخلون مترجلين من باب 3 بشارع الدمرداش. أما الأجانب والوفود الأجنبية، فسيتم دخولهم من باب رقم 2 بالكاتدرائية بشارع رمسيس.
