أثار قرار قداسة البابا تواضروس الثاني بإلغاء عظة يوم الأربعاء المقرر 10 إبريل واعتكاف قداستة بديرالأنبا بيشوي؛ اعتراضا منه على تعامل النظام مع حادثة وضحايا اعتداءات الكاتدرائية الجدل حول العلاقة بين الكنيسة والنظام فى ظل حكم الإخوان المسلمين. لجوء البابا تواضروس الثاني إلى الاعتكاف يعتبر الأول له فى ظل رئاسة قداسته للكنيسة، ولكنه لم يكن حديثا على الإطلاق، ففي ظل النظام السابق للرئيس المخلوع حسني مبارك كان الأسلوب الأشهر للراحل البابا شنودة الثالث. يعتبر البابا شنودة أول من قام باللجوء إلى الاعتكاف، فتاريخه يشير إلى وجود7 اعتكافات وقرابة المئة فتنة طائفية بين كبيرة وصغيرة. اعتبر البابا شنودة الاعتكاف وسيلة من وسائل الضغط السياسية على الحكومة المصرية، وقد دأب قداسته إلى اللجوء للاعتكاف والاختلاء للصلاة ومناجاة الرب من ناحية ورسالة اعتراض على تعامل النظام الحاكم في مصر مع الأزمات باختلاف طبيعتها. ويفسر العلماء الأقباط مفهوم الاعتكاف بأنه (سلوك رهباني وكهنوتي يلجأ إليه الراهب والقصد منه روحي للتعبد وتطهير النفس من شوائب الانغماس في الدنيا حيث يخلو إلى ذاته ويصلي اقتداءً بالمسيح ونص الكتاب المقدس عنه " كان يختلي في الصلاة منفردا ). ويطلق على المعتكف بالعامية الدارجة في الأديرة إن فلانًا «حابس» - أي حبس نفسه في قلاية، وانقطع للعبادة - على أن تكون سرية، وقد تكون أحيانا وسيلة تهذيب حيث قد يفرضها أب الاعتراف على أحدهم، إن ارتكب خطيئة للتطهر أو معالجة برود روحي لديه . ولعل تاريخ الأباء والكهنة حافل بالاعتكافات والتي بدأت باعتكاف البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقصية فى عهد الرئيس الراحل محمد أنور السادات، وإلغاء قداسته احتفالات عيد القيامة عام 1980؛ اعتراضًا على الوضع السيئ للأقباط فى هذا التوقيت، وكذلك الصراع الخفى بين البابا وبين السادات والذي بدأ بعد 6 أشهر من انتخاب البابا شنودة، ثم زاد هذا الصراع فيما عرف بأحداث الخانكة، وكان سبب الاحتكاك هو بناء كنيسة بغير ترخيص فى الخانكة. اعتكافات البابا شنودة لم تكن بدون أسباب؛ إنما كانت متزامنة مع الأزمات التي يتعرض لها الأقباط، والتي من أشهرها الاعتكاف في ديرالأنبا بيشوي بوادي النطرون؛ حزنًا على أحداث نجع حمادى والتي راح ضحيتها سبعة منهم 6 أقباط ومسلم واحد في حادث بشع انتهى بإعدام الفاعل، وهو بلطجي شهير يدعى" حمام الكموني"، وأعلن أحد المسئولين في الكنيسة في حينها عن عزمها على اتخاذ موقف إذا لم تتعامل الأجهزة بحزم مع حالة الاحتقان الطائفي؛ حتى يتم حقن دماء الأقباط. اعتكافات البابا شنودة لم تتوقف فى عصر الرئيس السابق مبارك، وأيضًا عندما فشلت محاولاته استرجاع السيدة وفاء قسطنطين من قبضة قوات الأمن المصرية التى كانت تحتجزها بعد إعلان إسلاميين عن تحولها للإسلام، وإعلان رجال دين مسيحيين عن نجاحهم فى إقناعها بعدم التحول عن المسيحية. وأدرك البابا عندما لم تفِ قوات الأمن بوعود عديدة بإطلاق السيدة قسطنطين أن المسئولين يتلاعبون بمشاعر الأقباط، وفيها أعلن البابا الصمت والاعتكاف فى الدير للإعراب عن غضبه.. وقد انتهى اعتكاف البابا عندئذ بعد ظهور السيدة وفاء قسطنطين الذى تم بعد تدخل رئاسي. ويبدو أن سلاح الاعتكاف بات هو حل البابوات في التعبير عن غضبهم مع الأنظمة الحاكمة في مصر، ومن اعتراضات البابا واعتكافاته بدير االنبا بيشوي بوادي النطرون؛ اعتراضا منه على عدم الإفراج عن 154 من الشباب القبطيين المحبوسين على خلفية أحداث كنيسة العمرانية. ولعل أشهر الاعتكافات وأشدها كانت في أعقاب الاعتداء على كنيسة القديسين الكائنة فى منطقة سيدى بشر شرق الإسكندرية، والذى راح ضحيته 21 قتيلا و79 مصابا،وغضب ملايين المواطنين. وأقامت كنائس الإسكندرية «قُداسات الغضب» للصلاة من أجل الضحايا، حذرت قيادات قبطية من «عراق جديد» فى مصر، وفيها قرر البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية - إلغاء احتفالات أعياد الميلاد المقرر لها يوم 7 يناير رغم طباعة الدعوات الخاصة بكبار المسؤولين والأقباط والاعتكاف؛ ولكن السؤال الذي يطرح نفسه أنه تاريخي ومع كل الأنظمة السابقة أثبتت أن اعتكاف البابا ينذر بالخطر وضرورة حل الأزمة، ولكن هل في عهد الإخوان سيكون لها الأثر نفسه أم لن يعي لها النظام بالاً".
