إثر قرار اقالة مفتى الجمهورية الدكتور على جمعة وتعيين مفتى جديد للديار المصرية هو الدكتور شوقي إبراهيم عبدالكريم والمنتمى لجماعة الاخوان المسلمون هناك مخاوف كبيرة لدى الطرق الصوفية فى مصر من سيطرة جماعة الاخوان على مؤسة الازهر الشريف وتسييس الفتاوى لصالح الرئيس مرسى ونظام الحكم وقالت مصادر مضطلعة ان الطرق الصوفية فى الصعيد والاقصر تعتزم تقديم الشيخ احمد الطيب شيخ الازهر الحالى لرئاسة الجمهورية خلال الفترة المقبلة وقامت بعدة تحركات داخل الصعيد واجتماعات بالاقصر التى ينتمى اليها شيخ الازهر
ورغم ان الدستور الجديد يحصن شيخ الازهر من الاقالة الا ان قرار اقالته يبقى فى يد الرئيس محمد مرسى فى ظل الصلاحيات الواسعة التى يتمتع بها وفضاضة مواد الدستور المصرى