رصدت غرفة عمليات المجلس القومى لحقوق الإنسان 40 شكوى حول انتهاكات المرحلة الثانية من الاستفتاء، وتنوعت الانتهاكات بين عدم فتح مقار الاقتراع وتأخر وصول القضاة ومنع المراقبين من أداء عملهم وتوجيه إرادة المصوتين. وشدد المجلس على أنه رصد مخالفه كبيرة في مدرسة الحوامدية الإعدادية قيام أفراد قوة تأمين اللجنة "أمناء الشرطة" بأعمال معاوني رئيس اللجنة، وذلك لعدم وجود المعاونين باللجنة علي الرغم من أن القانون يمنع وجود أفراد الشرطة داخل اللجان.
وشهدت محافظة بورسعيد في مدرسة صفية زغلول الإعدادية عدم فتح لجنتي 15 و16 وهو نفس الأمر الذي شهدته مدرسة ترسا الابتدائية بالجيزة حيث لم يتم فتح مقار الاقتراع حتي الآن.
وأضاف المجلس أن هناك لجان لم يتم بدأ الأقتراع فيها حتى الآن لتأخر وصول القضاة مثل لجان مدرسة قرية المزغونة بالجيزة وعدم وجود الموظفين المعاونين باللجان 17و18 بمدرسة ترسا بالجيزة.
وفي محافظة قنا لم يحضر رؤساء اللجان حتى الساعة 10:00 صباحاً، ولم تفتح اللجان رغم وجود أعداد كبيرة من المصوتين أمام اللجان، وانصراف بعضهم لشعوره بالملل - علي حد قول المجلس.
وفي مدرسة الفكرية بمحافظة كفر الشيخ تم منع مراقب المجلس بحجة عدم وجود صورة علي التفويض وشدد رئيس اللجنة على أنه لن يقبل تواجد أى مراقبين باللجنة.
و في محافظة الجيزة شهدت لجان مدرسة الحوامدية الإعدادية بنات ومقرها الحوامدية – قيام أنصار حزب الحرية والعدالة باستخراج الرقم الانتخابى للمصوتين أمام اللجنة وتوجيه إرادة المصوتين ، وحثهم على التصويت "بنعم