أمر أسامة حنفى، رئيس نيابة حوادث جنوبالجيزة، بحبس مساعد سائق قطار البدرشين وكمسارى القطار و2 من مسئولى الصيانة بأسيوط 4 أيام على ذمة التحقيق، كما أمرت النيابة بإخلاء سبيل مسئول آخر للصيانة بدون ضمانات عقب أن كشفت النيابة أنه قام بالكشف عن القطار قبل الحادث بيوم. وجه أحمد حمزاوى، مدير النيابة للمتهمين الأربعة تهم القتل الخطأ والشروع فى قتل والإهمال، كانت النيابة قد تسلمت تقرير اللجنة الفنية المشكلة من أساتذة كلية الهندسة، لفحص قطار البدرشين المنكوب والوقوف على أسباب الحادث عن حالة القطار وقت الحادث والأسباب التى أدت لوقوعه، حيث ورد التقرير فى حوالى 50 ورقة تضمنت عددا من المرفقات وصور المعاينة التى أجرتها اللجنة، بالإضافة إلى النتيجة النهائية، التى توصلت إليها اللجنة. وكشف التقرير الذى تسلمه وفحصه المستشار أسامة حنفى، رئيس نيابة حوادث جنوبالجيزة، عن أن اللجنة المشكلة برئاسة الدكتور محمد الشربينى العميد السابق لكلية الهندسة وعضوين آخرين، أن سبب وقوع الحادث "انفصال بنز التيلة" الخاص بفرامل القطار وهى عبارة عن قطعة صلب خرجت عن مكانها مع سرعة واهتزاز القطار، وطار جزء منها على العجلة الخلفية للقطار، وعندما سقط الجزء الحديدى على العجلة خرجت الأخيرة عن القضبان بالبدرشين، بعد أن تخطى القطار المحطة بحوالى 450 مترا، وأضاف التقرير أن العربة المنفصلة سارت بميل على "التحيلة" المؤدية لقطار البضائع حتى اصطدمت به وانقلبت. وكشف التقرير عن مفاجأة جديدة حيث أبرز إهمالا جسيما وعشوائية شديدة من سائق القطار عندما خالف تعليمات هيئة السكة الحديد المشددة بضرورة وجود هواء فى الماسورة، التى بين القطار والفرامل، والتى من دورها أن تجبر القطار على التوقف فى حالة تفرغ الهواء، وهو ما يسمى بالفرملة الفجائية. وكشف التقرير عن أن العربة الأخيرة كان مفصولا عنها الهواء، مما دفع سائق القطار للفرملة على مسافة 100 متر بعد وقوع الحادث أى فرملة عادية، وأنه توقف على بعد 1150 مترًا من الحادث، ولكنه من المقرر أن يتوقف على بعد 400 متر، وهو ما يدل على إهمال من المساعد والسائق والبرادين المتولين الكشف على القطار وطاقم صيانة أسيوط. وأضاف التقرير، أنه تم الكشف عن منتهى العشوائية فى هيئة السكة الحديد حيث تضاربت إفاداتهم حول السرعة المفترض أن يسير بها القطار، والتى قرروا فى خطاب أن السرعة المفترضة من 90 إلى 105 كم فى الساعة، فى تضارب مع خطاب آخر، قال إن السرعة تحدد بحوالى 120 كم فى الساعة، وكانت المفاجأة عندما أصدرت هيئة السكة الحديد قرارًا بعد وقوع الحادث، بحوالى أسبوعين بتخفيض سرعة جميع العربات المماثلة لعربة القطار المنكوب إلى 70 كم فى الساعة، لتقادم الأسطول، وهو ما يعد تقريرا متأخرا للغاية من الهيئة، فتم تكليف اللجنة بمهمة إضافية، وهى افتراض إصدار القرار بتقليل السرعة قبل وقوع الحادث، وانتهت اللجنة إلى أنه "إذا كانت سرعة القطار أقل وقت وقوع الحادث فكانت قوة الاصطدام ستكون أقل بالثلث، ولم تكن لتنقلب العربة".
