قالت الجماعة الإسلامية إن قرار انسحاب الكنائس المصرية من الجمعية التأسيسية لوضع الدستور، يدل على ما أسماه ب "خضوعها" إلى ضغوط علمانية وليبرالية من أجل هدم "التأسيسية"، وتقليص وجود الشريعة الإسلامية فى الدستور. واعتبرت الجماعة، في بيان لها ، أن القرار يؤدى إلى إبقاء حالة الارتباك السائدة بهذه المرحلة الحرجة وكل ذلك سيضع تلك الكنائس فى صدام مع الأغلبية من الشعب المصرى التى تسعى لتحقيق آمالها فى وجود دستور يعبر عن هويته ويقر بالمرجعية القانونية للشريعة الإسلامية. ووصف البيان قرار الإنسحاب ب "المخيب" لآمال الشعب المصرى لأنه يثبت أن الكنيسة تتحرك وفق أهداف طائفية وأنها تسعى لفرض إرادتها على أكثر من 90% من سكان مصر بإكراههم على قبول دستور يخلو من حقهم فى الاحتكام لشريعتهم، فى حين أن مسودة هذا الدستور قد أقرت بحق المواطنين غير المسلمين فى الرجوع إلى شريعتهم فى أحوالهم الشخصية"، حسبما قال.