لا أدرى ما الذي أغضب الكنيسة في حوار الدكتور محمد سليم العوا فى برنامج "بلا حدود الذي يقدمه أحمد منصور على قناة الجزيرة حول تصريحات الانبا بيشوى" المخفية" وقيام الكنيسة للمرة الثلاثة باحتجاز امرأة مسلمة داخل أحد الاديرة، لدرجة جعلت الكنيسة تحرض النظام ضد العوا متهما إياه بالحديث إلى قناة غير وطنية، معروفة بعدائها الشديد لكل ما هو مصرى" وكأن الحديث إلى قناة الجزيرة جريمة يعاقب عليها القانون، وكذلك اتهم الرجل بالاستقواء بالخارج والتجريح في الدولة ورئيسها؟!! فعلى ما يبدو أن الكنيسة قد بدأت في شن هجوم على المفكر الاسلامى د. محمد سليم الأمين العام لمجلس علماء المسلمين فقد خصصت قناة "أغابى" المملوكة للكنيسة حلقة كاملة من برنامج "نبض الكنيسة" الذي يشرف عليه الأنبا أرميا، سكرتير البابا شنودة، للرد على حديث العوا فى برنامج "بلا حدود " على قناة الجزيرة الذي بدأه بالكلام عن علاقة الإخوة الأزلية بين المسلمين والمسيحيين التي لا تنقسم و لا تنفصم، وانتقد احتجاز كاميليا شحاتة، زوجة كاهن دير مواس داخل أحد المقار التابعة للكنيسة، ومن قبلها وفاء قسطنطين زوجة كاهن أبو المطامير عام 2003 . كما انتقد تأييد الكنيسة للرئيس مبارك ونجله معتبراً ذلك تدخلا للدين فى السياسة."وهو أمر تعلن كل أجهزة الدولة بما فيها الكنيسة والمسجد رفضه دائماً" قائلا: أنه في يوم 18-6-2005 عقد اجتماع حضره جميع المطارنة والأساقفة التابعين للكنيسة المصرية داخل مصر وخارجها لإعلانهم تأييد الرئيس مبارك ونجله معللين ذلك بأن عصر مبارك هو أزهى عصور الحرية وقد تساءل العوا : فلماذا إذن الشكوى من الظلم والاضطهاد. وتحدث العوا عن ضبط الأمن لسفينة تحمل مواد متفجرة قادمة من إسرائيل لجوزيف بطرس الجبلاوى نجل وكيل مطرانية بورسعيد متعجباً من ضعف التناول الإعلامى لهذا القضية وعدم نشر التحقيقات الخاصة بها أسوة بقضايا أخرى متسائلا ماذا يعنى جلب مسيحي للأسلحة في ظل تصريحات مثل التي أطقلها الأنبا بيشوى؟! حيث طالب بإشراف الدولة على الأديرة، بعد إثارته لشكوك حول وجود أسلحة بداخلها، في رده على التصريحات العنيفة للأنبا بيشوي، سكرتير المجمع المقدس، والتي قال فيها إنه على استعداد للاستشهاد لمواجهة خضوع الكنائس لإشراف الدولة، واصفًا الأقباط بأنهم "أصل البلد" وأن المسلمين مجرد "ضيوف عليهم". واتهم القس دسقورس شحاتة، وكيل الأنبا بيشوى، العوا ب"المزايدة على الصليب وعلى الأنبا بيشوى وتحريض العامة على استهداف الكنائس والمسيحيين". ووصف دسقورس، العوا، بأنه "معارض يسعى إلى الاستقواء بالخارج والتجريح فى الدولة ورئيسها ومؤسسة من أعرق مؤسساتها (الكنيسة) فى قناة غير وطنية، معروفة بعدائها الشديد لكل ما هو مصرى". فى سياق متصل، أرسل المجلس الملى فى كاتدرائية الأقباط الأرثوذكس بالإسكندرية رسالتين إلى كل من الرئيس حسنى مبارك، والدكتور أحمد الطيب، شيخ الجامع الأزهر، وقعهما الدكتور كميل صديق، سكرتير المجلس، وجاء فى الرسالة الأولى أن العوا "أساء إساءة بالغة للديانة المسيحية بشكل مؤسف"، وأن تصريحاته "استعداء للدولة والشارع المصرى على القيادة الدينية الكنسية وشعبها. وطالبت الرسالة الرئيس مبارك بإنهاء الأزمة والتحقيق فى الأمر جنائياً، وتكليف وزارة الداخلية بتأمين دور العبادة.وقد رفض العوا الرد على تصريحات الكنيسة ضده.