استنكر الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين محاكمة الرئيس المنتخب محمد مرسى، واعتبرها محاكمة لإرادة الشعب وحمل السلطات الانقلابية في مصر المسؤولية الكاملة عن سلامته، وناشد الاتحاد فى بيان له صدر قبل قليل الرأي العام العربي والإسلامي والعالمي، والمنظمات الحقوقية الوقوف إلى جانب الشرعية موضحا انه لأول مرة في تاريخ مصر يقدم للمحاكمة رئيس شرعي انتخبه الشعب بإرادة حرة، بعد أن اختطفه الانقلابيون لشهور عجاف، كما اختطفوا وقتلوا الآلاف، من رافضي الانقلاب على إرادة الشعب، المدافعين عن الشرعية والحرية والكرامة، ومكتسبات ثورة 25 يناير المجيدة. كما استنكر اتحاد علماء المسلمين كل ما أقدم عليه الانقلابيون في مصر، من تعد على الشرعية الانتخابية والمؤسسات الدستورية، وانتهاك حرمات الشعب المصري الكريم: في أرواحه، وحرياته، ومقدساته، داعيا الشعب المصري إلى النزول في شوارع مصر وساحاتها، ومدنها وأريافها، مع الحفاظ على سلمية الحراك، استنكاراً لما أقدم عليه الانقلابيون من انتهاك حرمة جامعة الأزهر والجامعات المصرية الأخرى، واعتقال حرائر مصر، من الفتيات والطالبات، ثم السعي لمحاكمة الرئيس المنتخب، الذى يمثل الشرعية الدستورية، والإرادة الحرة للشعب المصري. وإكد البيان على النقاط التالية : 1- يدعو الانقلابيين من ضباط الجيش المصري وأعوانهم من المدنيين والإعلاميين الى الرجوع الى الحق، وإعادة الشرعية والمؤسسات الدستورية، التي انتخبها الشعب، بعدما بذل في ثورة الخامس والعشرين من يناير وما قبلها، من تضحيات بأرواح أبنائه الطاهرة، ودمائهم الزكية، لينال حريته، ويسترد كرامته. 2- يدعو الاتحاد كل أبناء شعب مصر الكريم الشرفاء إلى الوقوف صفاً واحداً، والاستمرار فى تصعيد المقاومة السلمية، حتى تعود حقوقه المختطفة، وذلك بعودة الشرعية الدستورية والانتخابية. 3- يدعو الاتحاد جميع الهيئات والمنظمات الحقوقية: العربية، والإسلامية، والدولية، وكل أحرار العالم و شرفائه إلى دعم صمود الشعب المصري، من أجل استرجاع شرعيته، والوقوف بحزم في وجه أي تطور جديد يريد الاعتداء على هذه الشرعية، مثل محاكمة الرئيس المنتخب الدكتور محمد مرسى. 4- يبشر الاتحاد أبناء الشعب المصري الشرفاء، المدافعين عن شرعيتهم وحرياتهم ومقدساتهم، وكل شرفاء العالم الذين يقفون في خندقهم بأن النصر قريب، فدولة الباطل ساعة، ودولة الحق إلى قيام الساعة. { وَقُلْ جَاءَ الْحَقُّ وَزَهَقَ الْبَاطِلُ إِنَّ الْبَاطِلَ كَانَ زَهُوقًا } [ الإسراء:81] ففجر الحق قادم وسينتصر لأن الظلم لا يدوم، وظلمة الباطل ستنقشع، ودولته إلى زوال . { فَأَمَّا الزَّبَدُ فَيَذْهَبُ جُفَاءً وَأَمَّا مَا يَنْفَعُ النَّاسَ فَيَمْكُثُ فِي الْأَرْضِ كَذَلِكَ يَضْرِبُ اللَّهُ الْأَمْثَالَ} [ الرعد:17].