كشف تقرير فني أصدره الجهاز البيئي بالشرقية، حول الوضع بالمحافظة أن الصرف الصحي من أكبر مشكلات المحافظة مؤكدًا أن نسبة القرى غير المخدومة بالشرقية تتجاوز 83% من إجمالي السكان، ما تسبب في تلوث المجارى المائية العذبة، نظرًا لقيام الأهالي بالتخلص من مياه الصرف الصحي عن طريق بيارات الكسح العادية على المجارى المائية العذبة، واستخدامها بعد ذلك في ري الأراضي الزراعية وفى محطات معالجة المياه لأغراض الشرب والاستخدام المنزلي، علاوة على صرف مياه البيارات السلبية على الخزان الجوفي؛ مما يؤثر سلبًا على جودة المياه التي تستخدم أيضًا في مياه الشرب والتي تمثل مصدرًا لمياه الشرب بنسبة 7 %. وأشار التقرير إلى عدم توحيد الجهود بين كل من الري والإدارات المحلية وشرطة المسطحات، ونقص خدمة الصرف الصحي في القرى والنجوع والتعديات المستمرة على المجاري المائية العذبة مخلفات وانتقد التقرير غياب الرقابة الأمنية، وهو ما أدى إلى عدم القدرة على مواجهة تلوث المياه نتيجة الصرف الصحي مما ترتب عليه تلوث بحيرة المنزلة؛ نتيجة صرف مياه بحر البقر المحملة بالعديد من الملوثات عليه ما أدى إلى ضعف إنتاجية الأسماك من بحيرة المنزلة نتيجة تلوث مياه البحيرة والتي تؤثر أيضًا على حجم ونوعية الأسماك وانتشار الأوبئة المنقولة عن بعض القوارض والحشرات الطائرة، إلى جانب انتشار الأمراض نتيجة التلوث الغذائي عن طريق الأسماك المنتجة من مزارع سهل الحسينية التي تروى بمياه مصرف بحر البقر.