جاء ضمن قرارات الرئيس اليوم التي وصفتها القوى السياسية والشعبية بالثورية تعيين المستشار محمود مكي، نائبا لرئيس الجمهورية، كان ذلك ضمن حزمة القرارات التي اتخذها الرئيس مرسي من أجل تصحيح مسار الثورة. تعرض المستشار مكي في ظل عهد المخلوع لأزمات عديد كان أبرزها إحالته مع المستشار هشام البسطويسى إلى مجلس الصلاحية؛ بسبب كشفهما واعتراضهما على تزوير الانتخابات البرلمانية فى 2005، وكان ذلك سببًا فى أزمة النظام مع القضاة، وقد اعترف بعدها وزير العدل الأسبق المستشار محمود أبوالليل بأن إحالة مكى للصلاحية جاء بناءً على تعليمات من الرئيس المخلوع مبارك. ورفض " مكى" وقتها المثول أمام نيابة أمن الدولة بعد بلاغ تقدم به المستشار محمد الصادق برهام المستشار بمحكمة الاستئناف إلى النائب العام، لاتهامه والمستشار أحمد مكى وعددًا آخر من القضاة بإهانة الهيئة القضائية من خلال اتهامهم لقضاة محددين بالاسم بتزوير انتخابات مجلس الشعب، والمشاركة فى نشر ما يسمى بالقائمة السوداء للقضاة المزورين. ولكن النائب العام حينها قرر سحب البلاغات من نيابة أمن الدولة، ثم صدر تصريح من وزير العدل بصدور قرار بندب قاضى تحقيق فى البلاغات، حيث تم ندب "قاضى محاكمة الرئيس المخلوع" المستشار أحمد رفعت رئيس الدائرة الخامسة جنايات شمال القاهرة كقاضى تحقيق لمباشرة التحقيق فى البلاغات، إلا أن المستشار محمود مكي رفض المثول أمامه أيضا للتحقيق. وفى عام 1992 نظم مكي والمستشار هشام البسطوسى نائب رئيس محكمة النقض السابق ومستشارون آخرون، أول إضراب للقضاة المصريين استمر 25 يوما، احتجاجا على وقف قاضيين مصريين عن العمل، ورغم كل الضغوط رفضوا فض الإضراب إلا بعد إعادة القاضيين المصريين إلى العمل، والالتزام بكل شروط القضاة المصريين. وعقب اندلاع ثورة 25 يناير، وصدور قرارات بتعيين محافظين جدد فى إبريل 2011 دشَّن مجموعة من نشطاء موقع التواصل الاجتماعى (فيس بوك) حملة إلكترونية لرفض المحافظ الجديد الدكتور عصام سالم، مطالبين بتعيين المستشار محمود مكي، نائب رئيس محكمة النقض، محافظًا للإسكندرية، حيث أكدوا أنه شخصية مستقلة وتاريخه مشرف.
