كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة، مع عناصر جماعة "أنصار بيت المقدس"، استهداف المتهمين قناة السويس والسفن المارة بالمجري الملاحي ومحاولة تصنيع غواصة وتحميلها بالمتفجرات لإلقائها بمجرى القناة وتفجيرها، بالإضافة إلى كشف التحقيقات تمكنهم من دخول مدينة الإنتاج الإعلامي ورصد كافة استوديوهاتها وتصويرها وتحديد مواقعها، وبعد تأكدهم من صعوبة تنفيذ عملية تفجير المدينة باستخدام سيارة مفخخة فكروا في استهدافها بصواريخ ماركة "كاتيوشا". وأشار المتهمون، في تحقيقات نيابة أمن الدولة، التي أشرف عليها المستشاران تامر فرجاني وخالد ضياء الدين، إلى أنهم خططوا لضرب مدينة الإنتاج الإعلامي لأنهم يرون أن الإعلاميين "طواغيت وكفرة". أمام أيمن بدوي ومحمد خاطر ومحمد منصور، رؤساء النيابة، اعترف المتهمان هاني عامر، ومحمد صبري عبدالعظيم، بالتخطيط لضرب المجرى الملاحي لقناة السويس، بهدف إظهار الدولة بمظهر الضعف وأنها غير قادرة على السيطرة على مؤسساتها، حتى تكون ذريعة للتدخل الأجنبي في شؤون مصر، لاعتقادهم أن معاهدة قناة السويس المبرمة عام 1811، تنص على أن مصر هي المسؤولة عن حماية السفن المارة بقناة السويس، وفي حالة فشلها في ذلك يحق للدول الموقعة على المعاهدة التدخل في إدارة قناة السويس. وأضاف المتهمان، أنه جري التنسيق بين المتهم محمد نصر وهاني عامر، مسؤولا كتائب "الفرقان"، مع المتهم توفيق فريج، قائد التنظيم، لضرب إحدى السفن الأمريكية المارة بقناة السويس، لكنهم لم يحددوا أي سفينة بعينها، ونظرًا لصعوبة تحديد سفينة أمريكية بعينها، اتفقوا على ضرب السفن المارة بقناة السويس، وتنفيذًا لذلك، ضربوا بارجتين إحداهما صينية والأخرى هندية في 21 أغسطس 2013 و24 يوليو 2013، حيث تم ضربهما بواسطة صواريخ "آر بي جي"، وأسفرت العملية عن وقوع تلفيات في مقدمة إحدى السفينتين وتلفيات في حاويات السفينة الأخرى. أقر المتهمون، أن من نفذ تلك العمليات المتهمون هاني عامر وهشام محمد المهدي عقل وأحمد سليمان محمد سليمان، حيث استقلوا سيارة ملاكي (ماركة نسيان) ملك المتهم الثاني، وأطلقوا الصواريخ من فجوة بالمخرج رقم 6 للطريق الملاحي، بعد حصولهم على خرائط للمجرى الملاحي بواسطة برامج الخرائط الإليكترونية، بالإضافة لرصدهم تحركات دخول وخروج السفن. وأوضحت التحقيقات، أن المتهمين صوروا إطلاق الصواريخ وقاموا بتحميل مقطع الفيديو الخاص بالعملية على موقع "كتائب الفرقان"، من أجل تقوية تلك الجماعة الإرهابية إعلاميًا لحين الإعلان الوهمي عن الدمج بين تلك الخلية و"أنصار بيت المقدس" الإرهابية، من أجل خلق نوع من الإرهاب والخوف لدى المجتمع المصري. وأشارت التحقيقات، إلى أن المتهمين اعترفوا أنه عقب تلك الحادثتين، فكروا في تصنيع غواصة صغيرة وتحميلها بمواد متفجرة قالوا إنها عبارة عن 3 أطنان من مادة "tnt" لإغراقها في المجرى الملاحي لقناة السويس وتفجيرها عن بعد، لتخريب أرصفة المجرى الملاحي وتعطيل سير السفن بداخلها، وكان المسؤول عن تصنيع تلك الغواصة المتهم هاني أمين مصطفى "مهندس برمجيات"، إلا انه ضبط قبل إتمام تنفيذ التصنيع، وأن المتهم كان بدأ بالفعل في تصنيع الغواصة في محافظة الإسماعيلية (مقر كتائب الفرقان). كشفت التحقيقات، عن تخطيط المتهمين لضرب مدينة الإنتاج الإعلامي، عقب رصد بعض الإعلاميين بينهم لميس الحديدي والشقيقين عمرو وعماد الدين أديب، واستطاع المتهم كريم محمد رستم، إيهام أحد أصدقائه العاملين بقناة المحور بأنه يريد التقدم بالسيرة الذاتية للالتحاق بالعمل بأي فضائية بمدينة الإنتاج الإعلامي، فساعده صديقه في الدخول، حيث صور المدينة بالكامل وكافة قنواتها، وأن ذلك المتهم استطاع دخول جميع استوديوهات الفضائيات وتصويرها، تمهيدًا لتحديد أماكنها على الخرائط الجغرافية المطبوعة من شبكة الإنترنت، ثم أبلغ المتهم قيادات الجماعة باستحالة استهداف المدينة بواسطة سيارة مفخخة، بسبب كبر مساحة المدينة وبعد السور الخارجي للمدينة عن القنوات الفضائية. وأضافت التحقيقات، أن المتهم الذي تمكن من دخول مدينة الإنتاج الإعلامي، اقترح ضرب تلك القنوات باستخدام صواريخ "كاتيوشا"، حصلوا عليها عن طريق تهريبها عبر الحدود الغربية للبلاد، والاحتفاظ بها في مزرعة خاصة بالمتهم محمد فتحي الشاذلي بمنطقة العدلية بمحافظة الشرقية.. وبالفعل حددوا المواقع الخاصة بتلك القنوات لضربها، وأن الضرب سوف سيكون عشوائيًا وخاصة قناة cbc التي دخلها بواسطة صديقه الموظف بقناة المحور. وتبين أن تلك المزرعة تعرضت لحريق بسبب تفاعل المواد الكيميائية الخاصة بتلك المتفجرات واحترقت الصواريخ، الأمر الذي أدى إلى اكتشاف الشرطة تلك الواقعة، وتبين أن عدد الصواريخ بلغ 60 صاروخًا، وذكر المتهمون، في أقوالهم، أنه لولا وقوع الحريق كانوا ضربوا مدينة الإنتاج الإعلامي، لأن الاعلاميين "طواغيت وكفرة". وحول واقعة تفجير مبنى مديرية أمن القاهرة بتاريخ 24/1/2014، أوضحت التحقيقات، أن توفيق فريج، قائد التنظيم، وضع مخطط استهداف المبنى وحدد فيه أدوار مرتكبيها، وأمدهم بسيارة نقل محملة ب800 كيلوجرام من المواد المفرقعة متصلة بدائرة كهربائية للتفجير عن بعد، ورصد المتهمون مبنى المديرية لعدة أيام بالتناوب، لتحديد طرق الهروب وكثافة الخدمات الأمنية عليها. وتابعت التحقيقات، "ويوم التنفيذ استقل المتوفي فهمي عبدالرؤوف فهمي السيارة المجهزة بالمفرقعات، واستقل المتهمان 14 و35 والمتوفي محمد السيد منصور، سيارة (ماركة ميتسوبيشي لانسر - سوداء اللون)، واستقل المتهمين 11 و27 و30 و52 والمتوفي محمد محسن، سيارة ثالثة، وتواجدوا بالمنطقة المحيطة بالمديرية، حتى رفع الكمين الأمني الموجود بمحيطها، فتوجه المتوفي فهمي عبدالرؤوف فهمي بالسيارة المجهزة، وترجل منها تاركها أمام مبنى المديرية، واستقل السيارة الثانية ولاذوا بالفرار، بعد أن أَمَّنَ باقي المتهمين طريق هروبهم، وأحدثوا الانفجار مخلفين وراءهم 4 قتلى والعديد من الإصابات والتلفيات بالمنشآت والمنقولات العامة والخاصة.
