بدأت الخلافات والانشقاقات تضرب صفوف تنظيمات الجهاد فى مصر، فى ظل إصرار مجموعات من التنظيم على مناصرة الشرعية والمشاركة فى التظاهرات لعودة محمد مرسى للحكم، وهو ما ترفضه مجموعات أخرى، من بينها التيار الجهادى بالشرقية الذى يرى أن مناصرة رئيس لا يعترف بالشريعة كفر. وبدأت الانشقاقات بين التيارات الجهادية تظهر على سطح الأحداث بعد إصدار التيار الجهادى بالشرقية بيانا شديد اللهجة، أكد خلاله عدم اعترافه بما يسمى «الحزب الإسلامى»، معتبرا أن قيادات وأعضاء هذا الحزب لا يمتون بصلة للجهاديين لعملهم بالديمقراطية الكفرية. وقال التيار الجهادى بالشرقية: لقد ظهر فى الآونة الأخيرة عبر وسائل الإعلام المختلفة بعض الشخصيات التى تنسب نفسها للتيار الجهادى فى مصر ويقدمون على أنهم قيادات للتيار، ويتحدثون باسم أبناء هذا التيار، ومن هؤلاء المدعو محمد أبوسمرة الذى ظهر مؤخراً عبر الشاشات والقنوات الفضائية المختلفة، ويقدم نفسه على أنه أمين عام الحزب الإسلامى (الذراع السياسية لجماعة الجهاد)، ويؤكد على مناصرة الجهاديين للدكتور محمد مرسى وما يسمى بالشرعية. وتابع البيان: «.. ومن أجل ذلك نحن نؤكد أن هذا الشخص لا علاقة له بالتيار الجهادى وأن التيار الجهادى فى مصر لا يشارك فى العملية السياسية التى تقوم على النظم الديمقراطية وبالتالى فليس له حزب بهذا الاسم وندعو كل وسائل الإعلام إلى تحرى المصداقية». من جهته، رد محمد أبوسمرة، الأمين العام للحزب الإسلامى (الذراع السياسية لتنظيم الجهاد)، قائلا إن موقف الحزب من الرئيس المخلوع محمد مرسى وجماعة الإخوان، معروف، وإن نصرتهم له ما هى إلا دعم للشرعية، وإن وجوده فى الحكم هو الخطوة الأولى للوصول للهدف الأسمى وهو تطبيق الشريعة. وقال الحزب الإسلامى فى بيان نشره على صفحته الرسمية بموقع التواصل الاجتماعى «فيس بوك» إن سياسة قلب الطاولة تصيب مكسبا من أهم مكاسب ثورة 25 يناير المجيدة، وهو التداول السلمى للسلطة، فى مقتل، وأن حق الأمة الأصيل اختيار قيادتها وفق قواعد شرعية ودستورية مستقرة، وليس عن طريق الانقلاب والعسكرة جنبا إلى جنب للأسف مع العنف والبلطجة، وهو ما يؤدى حتما إلى احتمالات مأساوية باللجوء إلى العنف المضاد أو العزوف عن المشاركة السياسية والمجتمعية والكفر بها. وأضاف البيان: نؤكد فى النهاية أن وقوفنا مع الشرعية لا يعنى بأى حال أننا فى خصومة مع الجيش أو قواته المسلحة التى هى ملك للشعب، وأن خصومتنا مع الانقلاب ومن يؤيده أياً كان موقعه، كما نحذر بشدة من مسلك الكنيسة المصرية وحشدها الطائفى الذى يضر بالوطن وبالمسيحيين أكثر من غيرهم. من جهته قال الشيخ محمد الظواهرى، زعيم السلفية الجهادية: إنه لا حل للخروج من الأزمة إلا بتطبيق الشريعة فوراً بدستور إسلامى، واختيار إمام للبلاد عن طريق أهل الحل والعقد. وأكد فى بيان له على صفحته الرسمية بموقع التواصل الاجتماعى «فيس بوك» أن تطبيق الشريعة يخرجنا من الأزمة ويجنب البلاد بحورا من الدم، فى ظل إصرار التيارات الجهادية على إعلان الجهاد داخل مصر لتطبيق الشريعة.