أصدر الأزهر الشريف بيانا للرد على تصريحات الدكتور يوسف القرضاوي، رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين، بشأن شيخ الأزهر، حيث قال إن ما حدث انقلاب عسكري استعانت فيه القوات المسلحة بمن لا يمثلون الشعب المصري بما فيهم شيخ الأزهر، بحسب زعمه. وقال الأزهر: "لا يصعُب على عوامِّ المثقفين ممَّن اطَّلعوا على فتوى الدكتور يوسف القرضاوي، أنْ يستقرئوا ما فيها من تعسُّف في الحكم، ومجازفة في النَّظَر؛ باعتبارِه خروجَ الملايين من شعبِ مصر في الثلاثين من يونيو بهذه الصورة التي لم يسبقْ لها مثيلٌ انقلابًا عسكريًّا". وقال الدكتور محمد مهنا، مستشار شيخ الأزهر: "لم يكن شيخ الأزهر ليتخلف عن دعوة دُعِيت لها كل القوى الوطنية والرموز السياسية والدينيَّة بما فيها حزب الحرية والعدالة نفسه في لحظة تاريخية بلغت فيها القلوب الحناجر، وفي موقف وطني يُعَدُّ فيه التخلُّف خيانة للواجب المفروض بحكم المسؤولية، وذلك استجابةً لصوت الشعب الذي عبَّر عن نفسه بهذه الصورة السلمية الحضارية، والتي لم تختلف عن الخامس والعشرين من يناير فى شيء". وأضاف أن فتوى الدكتور يوسف القرضاوي، إنما تعكس فقط رأي من يؤيدهم، وأكثر ما كان وما زال تقاتُل الناس حول الحكم والسياسة باسم الدين، وكما قال الشهرستاني: "ما سُلَّ سيفٌ في الإسلام على قاعدة دينية مثل ما سل على الإمامة في كل زمان". وأشار إلى أن شيخ الأزهر أكبرُ من أن يقفَ مع طائفةٍ ضد طائفةٍ، والجميع يعلم كم سعى وكم جاهد ليمنع الوصول إلى هذه النُّقطة الحرجة التي لطالما حذَّر منها، ولم يهتم بها أحد، ويجب أن يُسأل عنها كل مَن أوصل البلاد إلى هذه الحافَّة، وليراجع كل من لا يعلم البيانات الأخيرة التي صدَرت في هذه الفترة ليتبيَّن له ذلك، فضلاً عن المساعي والمواقف التي يعلمها الله ويعلمها مَن عاهدوا تلك المساعي من الشرفاء من رموز الأمَّة. ولفت إلى أن موقف الطيب كان ولا زال نابعًا من ثوابت الأزهر الوطنية، التي تعد من مقاصد الشريعة، ومعرفته العميقة الثاقبة للنصوص الشرعية بإنزالها على حُكم الواقع لا بعزلها عنه، مع ضمان المحافظة على الثوابت والقواعد، فالعارف هو العارف بزمانه، وليس العارف هو الذي يميز بين الخير والشر، إنما العارف هو الذي يميز بين أي الخيرين شر، وأي الشرين خير. وأوضح أن ما ورد بعد ذلك في فتوى القرضاوي من ألفاظ وعبارات وغمز ولمز لا تنبئ إلا عن زيادة في الفتنة، وتوزيع لمراسم الإساءات على رُبوع الأمة وممثِّليها ورموزها، مشيرا إلى أن الأزهر الشريف يعفُّ عن الرد عليها أو التعليق؛ مستشهدا بقول الله تعالى :{قُلْ كُلٌّ يَعْمَلُ عَلَى شَاكِلَتِهِ فَرَبُّكُمْ أَعْلَمُ بِمَنْ هُوَ أَهْدَى سَبِيلًا}.