قالت صحيفة "الحياة الجديدة" الفلسطينية، إنه فى مايو 2009، جرى اجتماع لمكتب إرشاد الإخوان بدعوة من خيرت الشاطر ومحمد بديع والدكتور محمود حسين، أعضاء مكتب الإرشاد، وتت بسرية وتكتم شديدين، وكان سببه أن هؤلاء الثلاثة تقدموا لمكتب الإرشاد بخطة للعودة للعمل بالتنظيم الخاص للإخوان، واستخدامه في اخترق المؤسسات ومحاولة السيطرة على عملها، مبررين ذلك بأن النضال السياسي والبرلماني أصبح غير مجدٍ في مواجهة النظام الذي ازداد قمعاً واستبداداً في الشعب المصري. وأضافت الصحيفة، في تقرير مطول أعدته بشأن أحداث تاريخية تخص جماعة الإخوان قبل وأثناء وبعد الثورة، أنه برغم رفض كل من الدكتور عبدالمنعم أبو الفتوح ومحمد حبيب للاقتراح، إلا أن محمد بديع وخيرت الشاطر أصرا على التصويت على طلبهما، فتمت إجازته من قبل مكتب الإرشاد بغالبيته، وكلف مكتب الإرشاد الشاطر وبديع ومحمود حسين بتكوين الهيئة الإدارية المكلفة بإعادة إحياء العمل بالتنظيم الخاص. وتحدثت الصحيفة عن الدعم الذى تتلقاه جماعة الإخوان من حماس وكتائب القسام، موضحة أن الإخوان فوجئوا كما فوجئ الآخرون باندلاع ثورة يناير، لكن ما إن تقدمت الثورة، فكانت هناك رسالة عاجلة من خيرت الشاطر في سجنه إلى محمد بديع ومكتب الإرشاد بالتحرك سريعا، خصوصا أن ما يحصل في مصر الآن يشكل تربة خصبة لتقدم التنظيم الخاص الصفوف ويمكن الإستعانة بكتائب القسام، و حزب الله، وإيران. وقال الشاطر فى رسالته، بحسب الصحيفة، "إن هذه القوى قادرة على مساعدتنا وتغيير اتجاه الأحداث، وتفعيلها لنكون قادرين على جعل هذه الهبة وهذه الثورة لصالحنا". وتوضح الصحيفة أنه بعد نجاح الإخوان في البرلمان رفض الشاطر تفكيك التنظيم السري، وقال "إن الدولة التي استلمناها الآن هي دولة هشةً، والمجلس العسكري قد سحب كل صلاحيات الرئاسة بإعلانات دستورية، أي أنه رئيس بلا دولة وبلا صلاحية، لذلك من المبكر الحديث عن أي صيغة عمل أخرى قبل أن ننهي تركيبة المجلس العسكري بهذا الشكل". وفي حادثة أخرى، ذكرت الصحيفة أن الإخوان فهموا أن الأمريكان غير متمسكين بالمجلس العسكري، وأنه آن الأوان لهم أن يطيحوا برموزه، فقام خيرت الشاطر عبر تنظيمه الخاص، باستغلال وشغل هذه المجموعة السلفية من خلال بعض قادة القسام، وكانت مذبحة الجنود المصريين في رفح، هذه الجريمة التي شكلت غطاءً كاملاً لمرسي للإطاحة برئيس جهاز المخابرات والمجلس العسكري. وأوضحت الصحيفة أن المجموعة التي نفذت عملية رفح هي مجموعة سلفية بقيادة "ممتاز دغمش"، لها تواجد في غزة ولها علاقات قوية مع مجموعات سلفية في سيناء. وانتهت الصحيفة إلى أن سياسة خيرت الشاطر في مصر الآن تقوم على "إنشاء أجهزة ومؤسسات موازية للأجهزة والمؤسسات المصرية القائمة حالياً، على طريق تدمير الأجهزة القائمة حالياً واستبدالها بأجهزة إخوانية، ولا دور لمرسي في الحكم أبداً، بل ما يقرره التنظيم الخاص هو الذي ينطق به مرسي".
