ألقي الرئيس محمد مرسي، كلمة بثت على التليفزيون المصري تعليقاً على حادث أسيوط، أكد فيها قبوله لاستقالة وزير النقل ورئيس هيئة السكك الحديدية، بالإضافة إلى إحالة جميع المسئولين عن الحادث الى النيابة العامة. وقال مرسي "تابعت بكل الأسى حادث تصادم قطار أسيوط بحافلة تقل طلاب، وأتقدم بخالص العزاء وأتمنى للمصابين الشفاء، وقد قررت قبول إستقالة وزير النقل والمواصلات وكذلك رئيس هيئة السكك الحديدية واتخاذ كافة الإجراءات من قبل الجهات التنفيذية المختلفة لتعويض أسر الضحايا والمصابين والتعاون معهم وتذليل كل العقبات والمواساة لهم جميعا. وأضاف "قررت تحويل المسئولين عن الحادث الى النيابة العامة مشدداً علي سرعة الإنجاز في اكتشاف ومعرفة سبب الحادث الأليم". وأختتم كلمته قائلا "هذه الحادثة سوف يحاسب من كان السبب فيها، وأدعو الله سبحانه وتعالى أن يرحم الضحايا وأن يمن برحمته وشفائه على المصابين، وأن يلهم أهلهم وذويهم الصبر والسلوان".