يبدو أن الأنبا أغاثون أسقف مغاغة والعدوة سيظل حديث الساعة داخل الشارع القبطي خلال الفترة القادمة بسبب مواقفه وتصريحاته المثيرة للجدل والتي تنوعت بين مخالفته للبابا تواضروس وقرارات المجمع المقدس من ناحية ورفعه دعاوى قضائية ضد من يخالفونه الرأي من ناحية أخري. كان أغاثون الذي رسم أسقفاً لمغاغة والعدوة في سبتمبر 2001 بيد البابا شنودة الراحل، ورئيس رابطة خريجي الكلية الإكليريكية، قد قرر إغلاق كنيسة العذراء مريم بقرية دير جرنوس وإيقاف الصلوات والقداسات الأسبوع الماضي خلال الاحتفال بعيد السيدة العذراء علي خلفية قيام بعض أقباط القرية بالتعدي على بعض الآباء الكهنة بالكنيسة ورفضهم لأحد الكهنة أن يقوم بالصلاة في الكنيسة، بالإضافة لقيامهم بالتجمهر وغلق أبواب الكنيسة خلال شهر مايو الماضي، ومحاولاتهم السيطرة على الكنيسة وإلغاء قياداتها الدينية. وأعلنت مطرانية مغاغة والعدوة في بيان رسمي، من خلال القمص برنابا اسحق وكيل المطرانية، أنها قد تقدمت ببلاغ رسمي ضد بعض الأقباط بقرية دير جرنوس الذين لديهم مخططات تضر بالكنيسة وسمعتها والذين يسعون لافشال الاحتفال بعيد السيدة العذراء بالكنيسة التي تحمل اسمها بالقرية وذلك أيام 20 ، 21 ، 22 من الشهر الجاري. واستنكرت المطرانية الهجوم الذي شنه أقباط القرية علي الأنبا أغاثون في بيانها "نحن نقوم بالرد نظرًا للمغالطات والاتهامات التي سقط فيها بعض الشباب من الشكاوى المكتوبة الموجهة، أو بالكتابة على مواقع التواصل الاجتماعي (فيسبوك)، ووجهوها ضد المطرانية والأنبا أغاثون أسقف الإيباراشية، وهؤلاء هم الخارجون عن البنوة والتفاهم أو المعرفة أو حدود المسئولية". ولا تعد هذه المرة الأولي التي يثير فيها الأنبا أغاثون جدلاً داخل الكنيسة فقد سبق ذلك تصريحاته المضادة لحديث البابا تواضروس في عظته بكنيسة السيدة العذراء بمنطقة الأنبا رويس في الكاتدرائية المرقسية، عقب مقتل الأنبا ابيفانوس رئيس دير أبو مقار وانتقد خلاله ما يطلقون علي أنفسهم "حماة الإيمان"، وقال نصاً "حامي الإيمان هو السيد المسيح فقط". في حين أكد الأنبا أغاثون خلال عظة له ضرورة حماية الإيمان وقال "صحيح حامي الإيمان الرب، لكن من ائتمنه على الإيمان مطلوب منه يحميه ويحرسه، والحارس الرب لكن من خلال الوكلاء، وبولس قال إنه حامي الإنجيل"؛ ليؤكد بذلك اختلافه مع موقف البابا تواضروس ، وهي ليست المرة الأولى التي يتخذ الأنبا أغاثون فيها مثل تلك المواقف، حيث أصدر بيانات وحذفها فيما بعد، خلال انتقاده كتاب الأنبا بفنوتيوس، وموقفه من معمودية الكنيسة الكاثوليكية سواء على موقع الإيبارشية أو صفحة الإيبارشية على "فيسبوك" معمودية الكاثوليك هجوم "أغاثون" على البابا له تاريخ ممتد لأكثر من سنة مضت، فعقب زيارة البابا فرنسيس بابا الفاتيكان لمصر في مايو 2017 وتوقيع بيان مشترك بين الكنيستين الأرثوذكسية والكاثوليكية حول المعمودية، أصدر الأنبا بياناً اتهم فيه الكنيسة الكاثوليكية بالهرطقة، وألمح إلى أن توقيع البابا على بيان قبول معمودية الكاثوليك فيه تنازل عن الإيمان الأرثوذكسي، مدللاً على ذلك ببحث أصدره بعنوان "معموديات قانونية وصحيحة ومعموديات غير قانونية وباطلة". وفي منتصف 2017 نشرت صفحة "أرثوذكس حقيقيون" علي موقع التواصل الاجتماعي "فيس بوك" منشوراً قالت فيه "أثناء الجلسة الختامية للمجمع المقدس هدد البابا تواضروس فى كلمته الأساقفة ومن ينتقدونه بأنه لن يتسامح مع المتطاولين عليه، موجهًا كلامه للأنبا أغاثون قائلًا له: "مش هسمحلك تتكلم أو تنتقد في الميديا والسوشيال ميديا ودا إنذار ولن أتساهل وسيكون فيه حساب و سأستعمل السحق والحق، ولن يمر الموضوع مرور الكرام ولنا جلسة أخري للحساب". هذا الحديث دفع مطرانية مغاغة والعدوة للأقباط الأرثوذكس، لإصدار بيان أكدت فيه علي محبة وتقدير واحترام الأنبا أغاثون أسقف المطرانية، للبابا تواضروس الثاني نافية صحة ما نشرته صفحة "أرثوذكس حقيقيون". أزمة مايكل وكان من أبرز القضايا التي هاجم فيها أسقف مغاغة البابا أزمة الأنبا مايكل، أسقف فيرجينيا الذى اختلف مع البابا، حين قرر الأخير رسامة الأنبا بيتر، أسقفاً على كنائس ساوث ونورث كارولينا بالولايات المتحدة فاعتبرها الأنبا مايكل تابعة له وهدد باللجوء للقضاء الأمريكى، ما دفع الأنبا أغاثون ورابطة خريجى الكلية الإكليريكية للتضامن معه وإصدار بيانات تؤكد عدم أحقية البابا فى رسامة أسقف على هذه الكنائس. ففي أكتوبر 2017 قدم كل من الأنبا أغاثون، أسقف مغاغة والعدوة، والأنبا مايكل الأسقف العام، شكوى إلى المجمع المقدس بعد الإعلان عن سيامة الأنبا كاراس الأسقف العام بنيو جيرسي، أسقفا لإيبارشية بنسلفانيا وديلاوير وميرلاند بأمريكا، خلال الرسامات الجديدة التى تمت في نفس العام. وجاء فى نص الشكوى التى بعث بها إلى أساقفة المجمع المقدس: "إن السيامة الجديدة تتعارض مع قوانين الآباء والتى تمنع سيامة أسقفين على نفس الكرسي"، مهددين بمقاطعة لجان المجمع المقدس والجلسة العامة فى حالة عدم النظر إلى الشكوى ومنع رسامة أسقف على نطاق إيبارشية الأنبا مايكل. وفي ديسمبر 2016 أصدر الأنبا بفنوتيوس مطران سمالوط كتاباً بعنوان "المرأة والتناول"، يرفض فيه منع النساء من "التناول من الأسرار المقدسة في فترة الدورة الشهرية"، وهي نفس الدعوة التي أطلقها الأب متى المسكين عام 2000، وكان يرى أن فكرة المنع من ممارسة الأسرار في أثناء تلك الفترة أو بعد الولادة، باعتبارها عادة يهودية لا تمت للمسيحية بصلة، فقام الأنبا أغاثون بالرد على كتاب الأنبا بفنوتيوس بدراسة وصف فيها كتاب الأنبا بفنوتيوس- ب"البدعة والهرطقة" وهو "اتهام خطير لا تطلقه الكنيسة عبر تاريخها على أي شخص إلا بعد مراجعته وعقد مجمع لمناقشة أفكاره"، وبالفعل اعترض البابا تواضروس وقتها على هذا الوصف.