خاضت الكنيسة الأرثوذكسية خلال الفترة الماضية معارك ضارية ضد العديد من الكتب والمؤلفين بدعوي أن مؤلفاتهم تخالف التعاليم المسيحية من ناحية وتهاجم وتحرض الأقباط علي رأس الكنيسة والسلطان الكهنوتي من ناحية أخري.. وفي هذا الإطار تحركت الكنيسة كعادتها فى اتجاهين، الأول يتمثل في التحذير من تلك الكتب ومنع تداولها فى الكنائس والمكتبات التابعة للكنيسة، والثاني هو الرد على ما أتى بها من أخطاء. "هل هذه بدع؟ وهل هى حديثة؟".. أحد هذه الكتب الذى ألفه جورج حبيب بباوي طريد الكنيسة فى كل العصور. هكذا وصفه أحد الكتاب، ففى خضم المعارك الفكرية الدائرة حول العديد من الكتب والمؤلفين لم يوجد من هو أكثر شراسة منه، وربما تكون مؤلفاته بأكملها مرفوضة ومحرم تداولها داخل الكنيسة، وتعتبر مادة خصبة لكل من يريد دراسة الأخطاء اللاهوتية. وقد قام عدد كبير من علماء اللاهوت المعاصرون بالرد عليه وكشف أخطائه فى مؤلفات ومقالات عدة، والغريب أنه علي الرغم من الصفعات العلمية التى قضت على أفكار بباوى الباطلة إلا أنه لا يزال يكتب ويؤلف ويبتلى على العقيدة المسيحية بما هو خارج عنها- علي حد وصف البعض له. فى جلسة 26 مايو2007 حرّم المجمع تعليم ومؤلفات "بباوي" بل وطرده من الكنيسة، وبعدها أصدرت لجنة الإيمان والتشريع قرارًا شبيهًا، ومنذ عام تقريباً تم التأكيد مجمعياً على منع كتبه للمرة الثالثة تقريبا، ومن مؤلفاته "أقنومية الروح القدس بين الإنكار وفساد الاستدلال"، و"رسائل أبونا فليمون المقارى"، و"وراثة الخطية أم سيادة الموت"، و"الخليقة الجديدة فى المسيح يسوع" وغيرها. وقد حوت أخطاء "بباوي" حسب قرار المجمع المقدس عددًا ضخمًا يصعب ذكره فى موضع واحد منها على سبيل المثال مهاجمة السلطان الكهنوتى وسلطان التعليم فى الكنيسة ورفض كل معتقدات الكنيسة الأرثوذكسية بصفة عامة مدعيًا أن التعليم حاليًا بالكنيسة هو تعليم غير مسيحى، إضافة إلى مهاجمة مدارس الأحد مع الإدعاء بأنها تعلم الأطفال تعليم غير مسيحى أيضاً، وكذلك عدم الاعتراف بالصوم والتحريض على عدم الالتزام بالصوم الذى وضعته الكنيسة. حاول جورج بباوى الرد على ما أسماه ظلمًا وإبراز فكره، فأصدر مؤلفات للرد على البابا شنودة، بعنوان "هل هذه بدع؟ وهل هى حديثة؟" وتبنى في الثلث الأول من الكتاب مدرسة جديدة فى الهجوم حتى أن بعضهم وصفه على سبيل الدعابة الثقيلة غير المقبولة "أستاذ اللاهوت الردحى". وفي جلسة 22 مايو2010 تم منع كتاب "أقوال مضيئة لآباء الكنيسة"، الكتاب بدون اسم مؤلف واضح منسوب إلى "آباء الكنيسة"، ولكن يتداول فى الأروقة أنه أحد مؤلفات جورج حبيب بباوى، وتم حظر هذا الكتاب بجلسة المجمع بناء على توصية لجنة الإيمان والتشريع التى أكدت وجود انحراف فى الترجمة عمدًا من اليونانية إلى العربية فى أغلب اقتباساته، وهناك وثيقة نادرة بخط يد نيافة العلامة الأنبا بيشوى مطران دمياط وسكرتير المجمع المقدس وقتها يصحح فيها فى هامش الكتاب ترجمة حرفت عمدًا فيقول الكتاب ص 92 "لما اتحد أقنوميا بالبشرية" بينما الترجمة الصحيحة بعد مراجعة الأنبا بيشوى كانت "لما وحد الإنسان بنفسه أقنوميا"، ربما اللفظ والفارق ثقيل على أذان الكثيرين ناهيك عن الفارق اللاهوتى بينهما والانحراف الشديد فى المعنى ولذلك يري البعض أن الترجمة المحرفة كارثة لاهوتية بكل المقاييس! الغريب فى الأمر أن هذا الكتاب ظل متداولاً فترة بمباركة دير أبو مقار الذى منه الأب متى المسكين، وتواجد لفترة طويلة بمكتبة دار مجلة مرقص للنشر التابعة للدير والمشرف عليها باسيليوس المقارى متحديًا قرار المجمع المقدس.
