قالت داليا زيادة، المدير التنفيذى السابق لمركز ابن خلدون، "كنت أفكر في الاستقالة من المركز منذ فترة طويلة ولكن كنت انتظر التغيرات في سياسة المركز المعادية للسياسة المصرية بما يسيء إلى دولتنا وكنت دائمة الاعتراض علي التوجهات الخاطئة". وأضافت زيادة، خلال حوارها مع الإعلامي أحمد موسى، في برنامج"على مسئوليتي" المذاع على فضائية"صدى البلد"، "أن النقطة الفارقة والتي حددت استقالتي المقالة التي كتبها الدكتور سعد الدين إبراهيم، مدير المركز، ضد القيادة السياسية وإباحة للتمويل الأجنبي بالإضافة إلى انتقاده الشخصي لأعضاء المركز بإظهار جماعة الإخوان كجماعة إرهابية في جينيف وهذا ما أدى لوصول الخلاف إلى ذروته".
وأوضحت أن سعد الدين ابراهيم لم ير جماعة الاخوان على أنها إرهابية ويدعو دائما إلى التصالح معهم وإدراجهم ضمن الاحزاب السياسية.