تبرأت مشيخة الأزهر من بيان الدكتور حسن الشافعي، كبير مستشاري شيخ الأزهر ورئيس مجمع اللغة العربية، والذي القاه عبر قناة "الجزيرة"، وهاجم فيه قيادات الجيش وثورة 30 يونيو واصفًا ما حدث في البلاد من ثورة شعبية بأنه "مؤامرة انقلابية"، . كما اعلن الشافعي رفضه أن يكون عضوا في لجنة المصالحة بعد أحداث الحرس الجمهوري ومتهما القائمين على أمور البلاد في الوقت الراهن بأنهم "انتهازيون"، وهو ما أثار غضب واستياء قطاع كبير من العلماء وعلى رأسهم الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب، باعتبار أن "ما صدر عن الشافعي لا يمثل الأزهر بأي حال، ولا يمثل إلا نفسه وشخص صاحبه فحسب". ومن جانبه قال الدكتور أحمد كريمة أستاذ الشريعة الإسلامية بجامعة الأزهر، "إن الشافعي من الكوادر الإخوانية القديمة واستعان به الطيب ضمن هيئته الاستشارية، فهو أستاذ كبير وعالم جليل في مجاله، يعمل في كلية دار العلوم بجامعة القاهرة، لكنه أوقع الأزهر في حرج بالغ بهذا البيان الغريب، فنحن كأزهريين نرفض بيانه هذا ونطالب بمحاسبته فورا لأن الأزهر قيمة وقامة لا تستخدم مطية للإخوان والسلفيين.
وأكد الدكتور محمود عزب، مستشار شيخ الأزهر ، على عدم وجود انشقاق داخل المؤسسة الدينية، لافتاً إلي أن "بيان الشافعي جاء بصفته رئيسا لمجمع اللغة العربية أو بصفته الشخصية، ولا يمثل الأزهر من قريب أو بعيد، فالأزهر حريص على عدم إراقة الدم المصري، وشيخه يؤكد مرارا في كل مناسبة على عدم التفرقة بين المصريين".
وقال الدكتور محمد الشحات الجندي، عضو مجمع البحوث الإسلامية، "إن كلام الشافعى مرفوض ولا نوافق عليه فتجربة الإخوان لم تجلب للبلاد إلا الكوارث ومعاداة كل أجهزة الدولة"، مشيراً إلى أن الأزهر طالب بالمصالحة الوطنية وإطلاق سراح أي معتقل سياسي بشكل فوري، وحقن الدماء، وأنه لا يجوز القتل إلا دفاعا عن النفس".
كما أشار إلي أن ما حدث على مدار العام الماضي كان "نكبة على البلاد وليس نهضة كما ادعي مؤيدو الرئيس المعزول، خاصة أن الرئيس السابق نقض عهده مع المواطنين بعدم تحقيق أي شيء ملموس على أرض الواقع، وعادى الجميع من أجل التمكين لأعضاء جماعته وأهله وعشيرته، وبالتالي فإن ما حدث إرادة شعبية انحاز لها الجيش وليس انقلابا كما يردد الإخوان وأعوانهم".
