أقام عدد من محامي أهالي جزيرة القرصاية بالتعاون مع عدد من المؤسسات الحقوقية: المركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية، والمبادرة المصرية للحقوق الشخصية، والاجتماعية، ومركز النديم، ومؤسسة الهلالي للحقوق والحريات، دعوى قضائية أمام مجلس الدولة ضد رئيس الجمهورية، ووزير الدفاع و20 مسئول أخرين طعنا على قرار تحويل بعض أراضي جزيرة القرصاية إلى منطقة عسكرية . وقالت الدعوي التي حملت رقم 21604 لسنة 67 قضائية إلى أن هذا القرار شابه العديد من المخالفات القانونية التي تستوجب إلغاؤه، وأتى على رأس تلك المخالفات أن مُصدر القرار هو وزير الدفاع واغتصب سلطات لا يملكها قانونا حيث أن نصوص القانون 7 لسنة 1991 رسمت الطريق القانونى لتحديد تلك المناطق والتى انحصر فيها دور وزير الدفاع على عرض الأمر على مجلس الوزراء وبعد موافقة الأخير يصدر القرار من رئيس الجمهورية، فضلا على أن قرار وزير الدفاع يعتبر أراضي جزيرة القرصاية من الأراضي الصحراوية بالرغم من كونها أراض زراعية مخالفا بذلك التعريف القانوني لأنواع الأراضي الوارد بالقانون 100 لسنة 1964 والقانون 143 لسنة 1981، بالإضافة لمخالفته للطبيعة الحقيقية لجزيرة القرصاية والتى تعد من أراضى طرح النهر وهى أراضى مزروعة بالفعل كما أصدر رئيس مجلس الوزراء قرارا باعتبار كامل أراضى الجزيرة محمية طبيعية
ومن الجدير بالذكر أن أهالى القرصاية خاضوا صراعا قضائيا مع الحكومة المصرية خلال الفترة من منتصف عام 2007 حتى أوائل عام 2010، وانتهى بأحكام قضائية لصالح الأهالي قد أشارت تلك الأحكام إلى الدور غير المشروع الذي قامت به وزارة الدفاع على أرض الجزيرة، فقالت محكمة القضاء الإداري بحكمها: “أن أوراق الدعوى قد أفصحت عن نية الإدارة الاستعانة بالقوات المسلحة لتنفيذ تعليمات رئيس مجلس الوزراء بإخلاء الجزيرة”
في حين أشارت المحكمة الإدارية العليا في حيثيات حكمها إلى “قيام بعض أفراد القوات المسلحة باقتحام الجزيرة”، وأكدت بعد ذلك “أن تدخل وزارة الدفاع وغيرها من الجهات الإدارية الأخرى بشأن التصرفات الخاصة بأرض الجزيرة يمثل تدخلاً غير مبرر”
وتؤكد المنظمات الحقوقية أن القضية تستهدف الحصول على حكم قضائى بوقف تنفيذ وإلغاء قرار وزير الدفاع بتحديد أراضي بجزيرة القرصاية كمناطق عسكرية ذات أهمية استراتيجية، بما ترتب على ذلك من آثار، وأخصها عدم قانونية تواجد أو تدخل وزارة الدفاع بكامل أراضي جزيرة القرصاية
