أقام عدد من محامى أهالى جزيرة القرصاية بالتعاون مع عدد من المؤسسات الحقوقية: المركز المصرى للحقوق الاقتصادية والاجتماعية، والمبادرة المصرية للحقوق الشخصية، والاجتماعية، ومركز النديم، ومؤسسة الهلالى للحقوق والحريات، دعوى قضائية أمام مجلس الدولة ضد رئيس الجمهورية، ووزير الدفاع و20 مسئولاً آخرين طعناً على قرار تحويل بعض أراضى جزيرة القرصاية إلى منطقة عسكرية. وقالت الدعوى التى حملت رقم 21604 لسنة 67 قضائية إلى أن هذا القرار شابه العديد من المخالفات القانونية التى تستوجب إلغاؤه، وأتى على رأس تلك المخالفات أن مُصدر القرار هو وزير الدفاع واغتصب سلطات لا يملكها قانونا حيث إن نصوص القانون 7 لسنة 1991 رسمت الطريق القانونى لتحديد تلك المناطق والتى انحصر فيها دور وزير الدفاع على عرض الأمر على مجلس الوزراء وبعد موافقة الأخير يصدر القرار من رئيس الجمهورية، فضلا عن أن قرار وزير الدفاع يعتبر أراضى جزيرة القرصاية من الأراضى الصحراوية بالرغم من كونها أراضى زراعية مخالفاً بذلك التعريف القانونى لأنواع الأراضى الوارد بالقانون 100 لسنة 1964 والقانون 143 لسنة 1981، بالإضافة لمخالفته للطبيعة الحقيقية لجزيرة القرصاية، والتى تعد من أراضى طرح النهر وهى أراضٍ مزروعة بالفعل، كما أصدر رئيس مجلس الوزراء قرارًا باعتبار كامل أراضى الجزيرة محمية طبيعية. ومن الجدير بالذكر، أن أهالى القرصاية خاضوا صراعًا قضائيًا مع الحكومة المصرية خلال الفترة من منتصف عام 2007 حتى أوائل عام 2010، وانتهى بأحكام قضائية لصالح الأهالى وقد أشارت تلك الأحكام إلى الدور غير المشروع الذى قامت به وزارة الدفاع على أرض الجزيرة، فقالت محكمة القضاء الإدارى بحكمها: إن أوراق الدعوى قد أفصحت عن نية الإدارة الاستعانة بالقوات المسلحة لتنفيذ تعليمات رئيس مجلس الوزراء بإخلاء الجزيرة. فى حين أشارت المحكمة الإدارية العليا فى حيثيات حكمها إلى "قيام بعض أفراد القوات المسلحة باقتحام الجزيرة"، وأكدت بعد ذلك "أن تدخل وزارة الدفاع وغيرها من الجهات الإدارية الأخرى بشأن التصرفات الخاصة بأرض الجزيرة يمثل تدخلاً غير مبرر". وتؤكد المنظمات الحقوقية أن القضية تستهدف الحصول على حكم قضائى بوقف تنفيذ وإلغاء قرار وزير الدفاع بتحديد أراضى بجزيرة القرصاية كمناطق عسكرية ذات أهمية استراتيجية، بما ترتب على ذلك من آثار، وأخصها عدم قانونية تواجد أو تدخل وزارة الدفاع بكامل أراضى جزيرة القرصاية.
