الاخوان والكنيسة رفض بعض الآباء الأساقفة بالكنيسة القبطية الأرثوذكسية التعليق على وجود تحالف بين الكنيسة وجماعة الإخوان المسلمين مشددين على أن الكنيسة مؤسسة دينية وليس لها دخل بالسياسة. جاء ذلك بعد أن أشار البعض الى وجود تحالف ما بين الكنيسة القبطية الأرثوذكسية وجماعة الإخوان المسلمين، نظرًا لدعوة الكنيسة لحزب الحرية والعدالة الذراع اليمنى لجماعة الإخوان المسلمين وبعض قيادات الجماعة لقداس عيد الميلاد المجيد لأول مرة في تاريخهم وتلبية الجماعة للدعوة بل وحراستهم للكنائس ليلة العيد وقبلها تعيين كوادر مسيحية بحزب الحرية والعدالة.