كشفت مصادر بالكنيسة القبطية الأرثوذكسية، أن أكثر من 50 % من كنائس مصر غير مرخصة وتحتاج إلى تقنين أوضاعها قبل إقرار قانون دور العبادة الموحد، الذي تعتزم الحكومة إقراره في غضون أسبوعين، موضحة أن تلك النسبة تتفاوت من محافظة لأخرى؛ وتبلغ ببعض محافظات بالصعيد أكثر من 75 %. وتمثل الكنائس المخالفة أحد أبرز عوامل الاحتقان والتي تفجر مصادمات طائفية من وقت لآخر، حيث إنها في الأغلب تكون منازل يملكها أقباط ثم يتم تحويلها إلى كنائس، دون الحصول على التراخيص القانونية اللازمة، ويتم اللجوء إلى ذلك عبر فرض سياسة "الأمر الواقع". كما يعتبر الأقباط "بعض دور المناسبات" كنائس تقام فيها القداسات، إضافة إلى بعض دور الخدمات التي يتم إلحاقها ببعض الكنائس. تأتى هذه المعلومات فى ظل إعداد قسم التشريع بمجلس الوزراء مرسوم قانون لتقنين أوضاع الكنائس غير المرخصة وتشكيل لجنة محايدة لمعاينتها على الطبيعة، على أن يتم عرض تقرير اللجنة على اللجنة التشريعية بمجلس الوزراء خلال أسبوعين. وقد انتقد قانونيون وسياسيون، سعي الحكومة إلى إصدار تشريع لتقنين أوضاع الكنائس غير المرخصة، في محاولة لتسوية أوضاعها، في أعقاب أحداث ماسبيرو التي اندلعت إثر اعتراضات من جانب الأقباط على وقف تحويل "مضيفة" إلى كنيسة بقرية المريناب بمحافظة أسوان، واصفين إياه بأنه "قانون استثنائي يقنن أوضاعًا غير قانونية وغير دستورية بالمرة، ومن شأنه أن يفتح الباب على مصراعيه لمزيد من التعدي وارتكاب مخالفات، ما دام في النهاية ستكون هناك تسوية". وقال الدكتور طارق الزمر وكيل مؤسسي حزب "البناء والتنمية": هناك قرارات كثيرة يتطلب إصدراها وجود برلمان منتخب، إلا أن المجلس العسكري يتجاهل ذلك ويقوم بإصدارها "إرضاء للبعض وعلى حساب المصالح العليا للبلاد". ووضع في هذا الإطار قانون دور العبادة الموحد الذي لا يجب إصداره قبل انتخاب برلمان جديد، خاصة أنه يكرس الطائفية في المجتمع المصري ويستفز المسلمين ضد الأقباط ويعطيهم مساحات من الأرض على الرغم من عدم حاجتهم لذلك، وفي الوقت الذي نرى المسلمين يصلون يوم الجمعة علي الأخص في الشوارع لم نرى قبطيا واحدا يصلي خارج الكنيسة، ومع كل ذلك نرى من يطالب ببناء مزيد من الكنائس. واعتبر أن هذا يوضح أن تلك المطلب هدفها بالدرجة الأولى ليس دينيًا، بل هدفًا استراتيجيًا ذا أبعاد خطيرة مرتبط بمخططات أجنبية تديرها أقلية قبطية. وحذر من أن العمل على إصدار قانون تقنين أوضاع الكنائس مخالف للدستور وإقصاء للشرعية وسيفتح الباب أمام مخالفات أخرى جسيمة وتعد على ممتلكات الدولة. كما طالب حزب الحرية والعدالة، الذراع السياسية لجماعة الإخوان المسلمين، الحكومة الحالية والمستقبلية بوضع جدول زمني «لتقنين وضع الكنائس غير المرخصة وفق قانون عادل، لمنع نشوب أي مشاكل في الحاضر والمستقبل»، موضحًا أن «الحق في العبادة لكل مواطن يرتبط بالحق في الاعتقاد الحر، وأنه من الضروري إزالة كل العقبات التي وضعتها النظم الاستبدادية في طريق تنفيذ هذا الحق الإنساني والديني بدراسة وافية تحقق اطمئنان المجتمع وتماسكه». يذكر أنه وبحسب كتاب "دليل الكنائس"، الذي يرصد عدد الكنائس الأرثوذكسية في مصر، فإن عدد الكنائس الأرثوذكسية يبلغ 1326 كنيسة، فيما تقول الكنيسة البروتستانتية، إن عدد كنائسها يبلغ 1100 كنيسة، بينما تبلغ عدد الكنائس الكاثوليكية 200 كنيسة، ما يعني أن مجمل عدد الكنائس في مصر يصل إلى" ألفين و626 كنيسة". والكنيسة الأرثوذكسية لديها 405 كنائس في الوجه البحري و796 كنائس في الوجه القبلي، وتأتي القاهرة في الصدارة بين محافظات الجمهورية، تليها الجيزة، بينما جاءت الإسكندرية في المركز الثامن 50 كنيسة، فيما جاءت محافظتا شمال سيناء وجنوب سيناء- في المركز الأخير باعتبارهما أقل المحافظات التي تضم كنائس أرثوذكسية. أما الكنائس البروتستانتية، فقد بلغ مجموعها 1100 كنيسة، نصيب الكنائس الإنجيلية منها 500 كنيسة بينما نصيب باقي الفرق البروتستانتية 600 كنيسة. وتضم القاهرة 125 كنيسة، وتأتي منطقة شبرا في الصدارة برصيد 22 كنيسة، تلتها منطقة الظاهر، ثم الفجالة برصيد 3 كنائس فقط. وجاء توزيع الكنائس داخل القاهرة على النحو التالي: 10 كنائس في منطقة مصر الجديدة و6 كنائس في منطقة الحرفيين و5 كنائس في منطقة الزيتون و11 كنيسة في منطقة عين شمس وعزبة النخل و11 كنيسة في منطقة حدائق القبة والوايلي والعباسية و9 كنائس في منطقة شرق السكة الحديد و22 كنيسة في منطقة شبرا و3 كنائس في منطقة الظاهر والفجالة و11 كنيسة في وسط القاهرة و19 كنيسة في مصر القديمة و12 كنيسة في طرة والمعادي و6 كنائس في المقطم والقطامية. وجاءت إيبراشية الجيزة وتوابعها في المركز الثاني برصيد 82 كنيسة. أما بالنسبة لعدد الكنائس البروتستانتية فالبروتستانت في مصر 17 مذهبا، تحظي الكنيسة الإنجيلية "الكنيسة المشيخية" بالعدد الأكبر منها. ويصل عدد الكنائس البروتستانتية إلي 1100 كنيسة منها 500 كنيسة إنجيلية و600 كنيسة لجميع الكنائس الأخرى مثل "نهضة القداسة" و"الأسقفية" و"المعمدانية" و"الرسولية" و" الأخوة" . والكنائس الكاثوليكية يصل عددها إلى قرابة 200 كنيسة، ويوجد منها 50 كنيسة في محافظتي القاهرةوالجيزة وفي أسيوط 35 كنيسة وفي المنيا 30 كنيسة وسوهاج 20 كنيسة والأقصر وأسوان 10 كنائس.