قال مكتب التحقيقات الفيدرالي الأمريكي إن تفجيرات بوسطن تمل بصمات القاعدة، ونفس أسلوب التفجيرات تم من قبل في أفغانستان وباكستان والهند. ونقلت صحيفة "ديلي بيست" الأمريكية عن مسئولين بمكتب التحقيقات الفيدرالية، ان حوالي 2000 شخص تم التحقيق معهم بالفعل، وانه لن يترك شخص مشتبه فيه دون التحقيق معه ومساءلته حتى الوصول إلى المتورطين في الجريمة. وأكد المسئولون أن تفجيرات بوسطن أقرب شبهًا بتفجيرات محطة قطارات مدريد التي وقعت 11 مارس عام 2004، وأدت لمقتل 191 شخصًا وإصابة 1800 آخرين، حيث استخدم نفس أسلوب إعداد القنابل وإدارة العملية من خلال عدة تفجيرات متلاحقة. ولم تستبعد المصادر أن تكون تفجيرات بوسطن تحمل بصمات تنظيم القاعدة، خاصة أن تصميم القنابل يشبه العديد من تلك التي استخدمت في تنفيذ عمليات إرهابية في أفغانستان والهند ونيبال وباكستان. فحركة طالبان والقاعدة استخدمت من قبل أواني الطهي التي تعمل بالضغط في إعداد قنابل بدائية في أفغانستان وباكستان، وهو ما يجعلهم على رأس قاسمة الاتهامات، خاصة أن مدينة بوسطن تشتهر بوجود الجامعات التي يقصدها طلاب من مختلف أنحاء العالم. وحملت هذه المعلومات اتهامات غير مباشرة إلى تنظيم القاعدة وخلايا تابعة لها في الولاياتالمتحدة، لكن مازال الجميع ينتظر نتائج الفحص التي تتم لبقايا القنبلة لتحديد هوية المواد المستخدمة فيها، وربما تتكشف الكثير من الحقائق التي قد تكشف تورط جهات أخرى غير القاعدة.