تسبب المقترح النهائي للائحة التنفيذية لمجلس النواب بعد تعديله، في 3 أزمات بين النواب، حيث جاء بالشكل الجديد للائحة تغير جذري في جميع بنود اللائحة، بداية من صلاحيات النائب، التي تم توسيعها وفقًا للدستور الجديد ونظام الجلسات داخل المجلس، وصولًا إلى عدد اللجان النوعية 26 انتهاءً بطريقة رفع الحصانة عن النائب وطريقة فصله من عضوية المجلس. فصل الحصانة غيرت اللائحة الجديدة لمجلس النواب طريقة رفع الحصانة عن النائب المطلوب للتحقيق في أي قضية، حيث كان رفع الحصانة باللائحة القديمة من صلاحيات المجلس الأعلى للقضاء، لكن في اللائحة الجديدة تم وضع سلطة رفع الحصانة إلى النائب العام، باعتبار أنه غير مختص، وتم الاتفاق على إبقاء تقديم دعوى بالادعاء المباشر، لكن مع وضع ضوابط للأمر، على أن يفحص مكتب المجلس ولجنة الشؤون الدستورية والتشريعية الطلبات للتأكد من جديتها، خاصة أن هناك دعاوى كيدية كثيرة. من جانبه قال النائب مجدي مرشد، عضو لجنة وضع اللائحة: إن الشكل النهائي للنص لم يتم التواصل إليه، وهو مجرد مقترح، حيث تقدم بعض النواب بفكرة إسناد رفع الحصانة للنائب العام، حيث يكون مطلعًا على التحقيقات والقضايا بحكم منصبه. 5 نواب للحزب لتشكيل كتلة برلمانية نص المقترح الجديد للائحة التنفيذية لمجلس النواب على أن يكون للحزب 5 نواب حتى يستطيع تشكيل كتلة برلمانية، الأمر الذي تسبب في رفض نحو 7 أحزاب هذا التعديل؛ لأن لها أقل من 5 نواب، مثل: حزب التجمع، المصري الديمقراطي، الصرح، الإصلاح والتنمية، العربي الناصري، مصر بلدي، حرس الثورة. من جانبه قال النائب جمال عبد الفتاح، النائب البرلماني عن حزب المصري الديمقراطي: إن الحزب يرفض أن يكون شرط تشكيل الهيئة البرلمانية للأحزاب هو 5 نواب، حيث نطالب أن تكون كما كانت في اللائحة القديمة ب3 نواب فقط. وأضاف عبد الفتاح أن الحزب تواصل مع أعضاء وضع اللائحة التنفيذية، وتم الاتفاق بالبقاء على شرط 3 نواب، حيث يساعد بعض الأحزاب في وجود هيئات برلمانية لهم، مشيرا إلى أن نواب الحزب ينتظرون المسودة التي ستوزع على المجلس لتحديد التصويت بقبول اللائحة أو رفضها. اللجان النوعية من 19 إلى 26 وصل عدد اللجان النوعية لمجلس النواب إلى 26 لجنة، بعد أن كان 19 لجنة في اللائحة القديمة، وطالب عدد من النواب بأن يصل إلى 29؛ نظرًا لما نص عليه الدستور بالاهتمام ببعض المجالات كالبحث العلمي والشؤون الإفريقية والمصريين في الخارج. وأشار اللواء علاء عابد، رئيس الكتلة البرلمانية لحزب المصريين الأحرار، إلى ضرورة زيادة عدد اللجان؛ حتى يكون هناك اهتمام أكبر من جانب المجلس، حيث إن الحكومة بها 33 وزارة، واللجان كانت 19 فقط. وأضاف أن نواب حزب المصريين الأحرار سينافسون على رئاسة 10 لجان، حيث إنه يمتلك نوابًا ذات خبرة في معظم المجالات، من بينها الدكتور أيمن أبو العلا لتولي لجنة الصحة والنائبة منى جاب الله لتولي لجنة المحليات.
