مع إجراء المرحلة الثانية للانتخابات البرلمانية، تأتي اللائحة التنفيذية لنواب المجلس عقبة أمامه، خاصة بعد التعديلات التي جرت في الدستور المصري، والتي وسعت من صلاحيات المجلس، وجعلت من حقه تشكيل الحكومة ومحاسبتها، بالإضافة إلى محاسبة رئيس الجمهورية. وعلى الجانب الآخر طالب البعض برفع الحصانة عن عضو البرلمان؛ مما أحدث لغطًا حول صلاحيات المجلس والأعضاء. في حين أن المادتين ( 118 و119) من الدستور المصري تنصان على أن يضع مجلس النواب لائحته الداخلية؛ لتنظيم العمل فيه، وكيفية ممارسته لاختصاصاته، والمحافظة على النظام داخله، وتصدر بقانون، ويختص مجلس النواب بالمحافظة على النظام داخله، ويتولى ذلك رئيس المجلس. وهناك مقولة كنا نسمعها في عهد المخلوع حسني مبارك "المجلس سيد قراره"، بمعنى أن المجلس هو من يعدل قوانينه ولائحته بدون أي تدخل من أي سلطة خارجية. ورصد عدد من الشخصيات الحزبية 3 بنود يجب أن يتم تعديلها في اللائحة القديمة، التي سيتم العمل بها في أولى جلسات مجلس النواب، وهي صلاحيات العضو، والتي تتعارض مع الدستور الجديد الذي أعطى صلاحيات واسعة للمجلس غير منصوص عليها في اللائحة القديمة، واستجواب المسئولين في جميع الأسئلة، واللائحة القديمة تعطي المسئول الحق في الرد مرة واحدة على استجواب النائب، ومحاسبة رئيس الجمهورية، وهو أيضًا غير موجود في اللائحة القديمة. وفي هذا السياق يقول الدكتور أيمن أبو العلا، نائب مجلس النواب عن حزب المصريين الأحرار، إن الحزب أعدَّ مقترحًا حول اللائحة التنفيذية التي لا بد أن تتغير، وسيتم العمل بها مؤقتًا في أولى جلسات المجلس، لحين إقرار لائحة جديدة، أو تعديل اللائحة الموجودة مشيرًا إلى أن اللائحة القديمة لا بد أن تعدل وفقًا للدستور الجديد الذي نص على مواد تتعارض معها. وأشار أبو العلا إلى أن الدستور المصري في المادة (242) تنص على أن "يستمر العمل بنظام الإدارة المحلية القائم، إلى أن يتم تطبيق النظام المنصوص عليه في الدستور بالتدريج خلال خمس سنوات من تاريخ نفاذه، ودون إخلال بأحكام المادة (181) من هذا الدستور." ومن الممكن العمل باللائحة القديمة لحين إقرار اللائحة الجديدة، حيث سيتم تنقية اللائحة من النصوص التي تتعارض مع الدستور لحين إقرار اللائحة الجديدة، سواء سيتم وضع أخرى جديدة أو تعديل اللائحة القديمة. وأكد الدكتور رمضان بطيخ، الفقيه الدستوري، إن اللائحة الحالية لمجلس النواب سيتم تغييرها، ولا يجوز العمل بها بشكلها القديم، خاصة بعد التعديلات التي جرت على صلاحيات مجلس النواب. مشيرًا إلى أن المجلس هو من سيضع اللائحة الجديدة، بعد موافقة الأغلبية، ولا يجوز تدخل أي جهة خارج المجلس بتقديم مقترح حول اللائحة التنفيذية، حتى لو كانت الحكومة؛ لأن هناك مواد دستورية تمنع ذلك، كالمادتين (118 و119)، وهناك قاعدة تقول إن المجلس سيد قراره.