تختص جامعة الأزهر بكل ما يتعلق بالتعليم العالي بالأزهر وبالبحوث التي تتصل بهذا التعليم أو تترتب عليه، وتقوم على حفظ التراث الإسلامي ودراسته وتجليته ونشره، وتؤدي رسالة الإسلام إلى الناس، وتعمل على إظهار حقيقته وأثره في تقدم البشر، ذلك هو التعريف الدقيق للجامعة حسب المادة 33 من قانون رقم 103 لسنة 1961 بشأن إعادة تنظيم الأزهر والهيئات التي يشملها. وتشمل جامعة الأزهر العديد من الكليات الدينية التي تختص بدراسة الإسلام، لكن هناك بعض الكليات المدنية؛ مثل كليات التجارة والزراعة والعلوم والهندسة والطب والتجارة والصيدلة واللغة العربية واللغات والترجمة، حيث خرجت بعض الأصوات الإعلامية تنادي بتساؤل: لماذا لا يدخل المصريون المسيحيون تلك الكليات المدنية؟ "القضاء الإداري" اشترط الحصول على الشهادات المؤهلة ولم يذكر الديانة بالعودة للوراء قليلًا نجد أن ممدوح نخلة، المحامي ومدير مركز الكلمة لحقوق الإنسان، سبق وأن تقدم بدعوة قضائية في 2008، تطالب بالسماح للمسيحيين بالالتحاق بجامعة الأزهر ودراسة العلوم المدنية التي ليست حكرًا على أحد، على أساس تفعيل القانون بخصوص مادة المواطنة، موضحًا أن المواطنة لا تفرق بين أي إنسان بسبب عقيدته أو دينه. وأكد أيضًا أنه يوافق على دخول المسلمين لكليات مسيحية، موضحًا أن هناك أشخاصًا مسلمين كانوا يدرسون معه بمعهد قبطي تشرف عليه الكنيسة، وأشار إلى أن هناك جامعة كاثوليكية بأمريكا تضم عدد كبير من المسلمين. إلَّا أنه في 2009 جاء حكم محكمة القضاء الإداري بمنع قبول الطلاب المسيحيين بقسم الدراسات العليا بكلية الشريعة والقانون بجامعة الأزهر، مبررة ذلك بأنه يشترط لقيد الطالب للحصول علي درجة التخصص «الماجستير» بقسم الدراسات العليا بكلية الشريعة والقانون بجامعة الأزهر أن يكون حاصلًا على درجة الإجازة العالية من الكلية أو ما يعادلها بتقدير جيد على الأقل، وأن يتقدم بطلب للقيد قبل افتتاح الدراسة في كل عام. وأضافت المحكمة أن نخلة غير حاصل على درجة الإجازة العليا من كلية الشريعة والقانون بجامعة الأزهر أو ما يعادلها، وأنه لم يتقدم بطلب للقيد للكلية للحصول علي درجة التخصص «الماجستير» قبل افتتاح الدراسة، مضيفة أنه لا يتوافر في حقه شروط القيد للحصول على هذه الدرجة وأن طلبه بوقف تنفيذ القرار السلبي بالامتناع عن قبوله والطلاب المسيحيين للحصول علي هذه الدرجة غير قائم علي سند صحيح من أحكام القانون وجدير بالرفض "كريستينا" أول معيدة مسيحية في "الدراسات الإسلامية".. و"طنطاوي": نرحب بكل من يريد دراسة الإسلام هناك من المسيحيين من يكسر القاعدة ويقترب من الملف الشائك، حينما حصلت كريستين زاهر حنا في 2002 على لقب أول فتاة مسيحية تُعين معيدة بقسم مناهج وطرق تدريس اللغة العربية والدراسات الإسلامية بكلية التربية ببورسعيد. كتبت في استمارة الرغبات بعد انتهاء مرحلة الثانوية العامة، الالتحاق بقسم اللغة العربية والدراسات الإسلامية، وعندما ذهبت الاستمارة إلى رئيس القسم قال لها: "ممنوع مسيحية تدخل القسم" فتوجهت لعميد الكلية وقتها الذي رحب بها وأكد لها أن القانون لا يمنع دخولها، وبالفعل درست في الكلية، وحصلت على ليسانس آداب وتربية بتقدير عام جيد جدًّا مع مرتبة الشرف، حيث درست الفقه والشريعة والبلاغة والنقد والنحو والصرف والدراسات الإسلامية. وعند تقدمها للتعين بمعيدة بالقسم، واجهت الصعاب حيث عارض الكثير الفكرة كونها مسيحية، إلَّا أنها ذهبت لمقابلة محمد سيد طنطاوي، شيخ الأزهر وقتها، وقال لها وقتها في حوار صحفي: «مرحبًا بك يا ابنتي، فنحن نرحب بالمسيحيين واليهود وبكل من يريد أن يدرس الإسلام» وأرسل بخطاب إلى الدكتور مفيد شهاب وكان وقتها وزير التعليم العالي، وقال فيه «اتخذ ما تراه حقًّا وعدلًا»، وبالفعل صدر قرار تعيينها في الكلية بالقرار رقم 531 بتاريخ 28 5 2002 نائب رئيس "الأزهر": القانون يشترط حصول غير المسلم على الثانوية الأزهرية وحفظ القرآن قال توفيق نور الدين، نائب رئيس جامعة الأزهر: إن القانون لا يمنع أن يلتحق المسيحي أو اليهودي ليكون طالبًا بجامعة الأزهر، لكن هناك شرط واحد لإتمام ذلك، وهو أن يكون حاصلًا على شهادة الثانوية الأزهرية. وأضاف "نور الدين" ل"البديل"، أن جامعة الأزهر ليست حكرًا على أحد، لكن يجب على من يتحدث وفي موضوعات شائكة مثل ذلك أن يقرأ القانون في البداية، ثم يطلق تساؤلاته وأحكامه، مشيرًا إلى أن هناك قواعد وقوانين تحكم العملية التعليمية في الجامعة، فليس من الممكن أن يأتي طالب حاصل على شهادة ثانوية غير أزهرية ويطلب الدراسة ب"الأزهر"، كما أن الطالب الثانوي خريج الأزهر لا يحق لها الالتحاق مثلًا بكليات طب قصر العيني والإسكندرية وغيرها، كما يشترط للدارس أن يرتدي الزي الخاص بجامعة الأزهر. وأشار إلى أنه لحصول المسيحي في البداية على شهادة الثانوية الأزهرية لكي يلتحق ب"الأزهر" عليه أن يكون حافظًا للقرآن كاملًا وبالتجويد، وهذا أقل شيء يدرسه خلال تلك المرحلة، علاوة على كتب الحديث والفقه. وتساءل نائب رئيس جامعة الأزهر: هل يحق الدراسة والتدريس داخل مدارس ومعاهد اللاهوت؟ لا أعرف لكن القانون ولائحة تلك الأماكن هي من تحدد القبول والرفض، موضحًا أن دراسة الإسلام حق لكل مواطن مصري كان أو أجنبي دون أي قيود، أما الالتحاق بالأزهر فله قواعد تحكمه كما أشرنا لذلك من قبل. وقال توفيق نور الدين: هناك تركيز غير عادي من قبل بعض الأشخاص والإعلاميين على الأزهر، وأصبح الحديث عن تلك المؤسسة بشكل لا يليق بعراقتها، فأصبح الأزهر "الحيطة المايلة" التي يلحق الجميع أي تهم إليها ويهاجمها.